نفى مصدر بهيئة كبار العلماء بالأزهر ما تردد في بعض وسائل الإعلام حول وجود نية لدى الهيئة باختيار الدكتور علي جمعة المفتي السابق أمينًا عامًا للهيئة. وأكد المصدر أن منصب الأمين العام للهيئة له اختصاصات محدودة بقرار تنظيم العمل بها معظمها اختصاصات إدارية ومالية، وأن اختيار الأمين العام سيكون من خارج الهيئة وليس من داخلها؛ حيث لا ينبغي الجمع بين عضوية الهيئة ومنصب الأمين العام لها، والدكتور علي جمعة هو عضو بهيئة كبار العلماء. وتعد هيئة كبار علماء الأزهر هي أعلى مرجعية دينية تابعة للأزهر، تم إحيائها في 17 يوليو 2012 بعد أن حلها الرئيس الراحل جمال عبد الناصر حين أصدر قانون رقم 103 لعام 1961، والذي عُدل في يونيو 2012 ووافق عليه الدكتور كمال الجنزوري رئيس الوزراء آنذاك والمجلس الأعلى للقوات المسلحة القائم بأعمال رئاسة الجمهورية وقتذاك. ونصت المادة (32) مكررا على اختصاصات الهيئة التي من ضمنها انتخاب شيخ الأزهر وترشيح مفتي الديار المصرية والبت في الأمور الدينية. كما نصت المادة الرابعة من دستور 2012 على أخذ رأي الهيئة فى الشئون المتعلقة بالشريعة الإسلامية. وتتألف الهيئة من عدد لا يزيد على أربعين عضواً من كبار علماء الأزهر من جميع المذاهب الفقهية الأربعة ويرأسها شيخ الأزهر. تم اختيار التشكيل الأول للهيئة بعد إحيائها في 2012 عن طريقة لجنة شكلها مجمع البحوث الإسلامية. ويشترط فيمن يختار عضوًا بالهيئة ألا تقل سنه عن خمسة وخمسين عاما وأن يكون حائزًا شهادة الدكتوراه وبلغ درجة الأستاذية في العلوم الشرعية أو اللغوية وأن يكون قد تدرج في تعليمه في المعاهد الأزهرية وكليات جامعة الأزهر.
