كانت مصر في عهد سيدنا عثمان محكومة بخلافة سيدنا الصحابي عبد الله بن سعد بن أبي السرح - رضي الله عنه - .. بعدما خلع عنها عمرو بن العاص الذي حكمها في أيام عمر، لكن ابن أبي السرح أُخرج من مصر أثناء حصار عثمان في الدار وقتله. ثم دخل عهد سيدنا علي بن أبي طالب.. فولى على مصر بعد مقتل عثمان، سيدنا الصحابي قيس بن سعد بن عبادة - رضي الله عنه -، لكنه لم يمكث بها كثيرًا، وعاد إلى المدينةالمنورة، وطلب من سيدنا على أن يولى غيره عاملًا على مصر، فبعث الإمام علي على إمرة مصر بدلًا من قيس بن سعد بن عبادة، مالك بن الحارث الأشتر النخعي، فسار الأشتر إلى مصر الأشتر، فلما وصل للقلزم (السويس) استقبله الخانسار وهو مقدم على الخراج، فقدم إليه طعامًا وسقاه شربة من عسل مسموم فكان موته بسببها، ودفن الأشتر في منطقة جنوب شرق الفسطاط (المرج حاليًا)، ويُعرف مرقده بمرقد "سيدي العجمي" ولا يزوره الكثيرون. فلما علم الإمام علي بموت الأشتر، بعث محمد بن أبي بكر الصديق على إمرة مصر، وقد وصلها فى مثل هذا اليوم عام 685م. يقول ابن كثير: فلم يزل محمد بن أبي بكر بمصر قائم الأمر مهيبًا بالديار المصرية حتى كانت وقعة صفين، وبلغ أهل مصر خبر معاوية ومن معه من أهل الشام على قتل أهل العراق وصاروا إلى التحكيم.. وبعدها عين معاوية نيابة مصر لعمرو بن العاص مرة أخرى بعدما خرج منها سابقًا، ففرح عمرو بذلك، وجهز معاوية لعمرو جيشًا كبيرًا لدخول مصر. وبعد ذلك بعث محمد بن أبي بكر إلى علي وأعلمه بقدوم عمرو لمصر في جيش من قبل معاوية بن أبي سفيان يقول له: "فإن كانت لك بأرض مصر حاجة فابعث إليّ بأموال ورجال والسلام"، فلما قرأ علي كلام ابن أبي بكر كتب إليه يأمره بالصبر، وبالمجاهدة وأنه سيبعث إليه الرجال والأموال ويمده بما أمكنه من الجيوش. فلما دخل عمرو مصر كان جيشه ستة آلاف مقاتل شامي، وكان بمصر من أنصار عمرو ومعاوية عشرة آلاف آخرين، فأصبح جيش عمرو بذلك من ستة عشر ألف مقاتل، وكان في مواجهته ابن أبي بكر الصديق وجيشه ألفى فرد فقط من المصريين. ودارت المنازلة بين الجيشين، وانتهت بهزيمة محمد ابن أبى بكر الصديق، ومقتله، وكان عمره وقتها 27 سنة.