نفى ممثلو الأزهر بالجمعية التأسيسية لوضع الدستور أن يكون النص على المادة الرابعة ، في الدستور الجديد الذي أقره المصريون أخيرًا، والتي تنص على أن شيخ الأزهر مستقل غير قابل للعزل جاء في إطار "صفقة". جاء ذلك ردًا على ما أثاره الدكتور ياسر برهامي نائب رئيس "الدعوة السلفية" في فيديو تم تداوله على الإنترنت عن "صفقة" مع الأزهر، بحيث يتم التأكيد على المادة الثانية الخاصة بالشريعة الإسلامية مقابل احتفاظ شيخ الأزهر بمنصبه طيلة الحياة. ووصف ممثلو الأزهر بالجمعية التأسيسية في بيان أصدروه عقب اجتماع عاجل صباح الاثنين، بمقر مشيخة الأزهر بالدراسة، بدعوة من الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر ما تردد عن أن المادة المشار إليها كانت نتيجة "صفقة ما" مع الأزهر ب "الافتراءات"، قائلين إن "موقع الأزهر ومقام إمامه الأكبر فوق هذا الكلام". وأضافوا: "حقيقة الأمر أن ممثلي الأزهر كانوا يدافعون في الجمعية التأسيسية عن ثوابت الأمة وحقوق الشعب وحريات المواطنين وحقوق المواطنة لغير المسلمين من أبنائه، ولم يطلبوا للأزهر شيئًا غير التأكيد على حقيقة وضعه التاريخي واستقلاله الكامل الذي ينبغي أن يكون عليه". وشددوا على أن الأزهر يُعد طوال التاريخ المصري أحد المقومات الأساسية للمجتمع والدولة، وهو مرجع الكافة فيما يتعلق بالإسلام وشريعته، يفعل ذلك لوجه الله ووفاءً لدوره التاريخي وفكره الوسطي دون أي غرض حزبي أو سياسي أو غير ذلك، وما تقرر في المادة الرابعة من مشروع الدستور المصري الجديد ليس إلا تأكيدًا لهذا الواقع الذي تشهد له كل مواقف التاريخ. وجاء في المادة الرابعة من الدستور الجديد أن "الأزهر الشريف "هيئة إسلامية مستقلة، يختص وحده بالقيام على كافة شؤونه وفقاً للقانون، ويتولى الدعوة الإسلامية ونشر علوم الدين والمحافظة على اللغة العربية في مصر والعالم، وتكفل الدولة الاعتمادات المالية الكافية لتحقيق أغراضه، وتختار هيئة كبار العلماء شيخ الأزهر ولا يكون إعفاؤه من غيرها. ويؤخذ رأي هيئة كبار العلماء بالأزهر الشريف في الشؤون المتعلقة بالشريعة الإسلامية. وكل ذلك على الوجه الذي ينظمه القانون". ورد ممثلو الأزهر على ما أثير بشأن وضعية المؤسسة الإسلامية بالدستور، مؤكدين أن الأزهر "لا يُعير اهتمامًا لمثل هذه الصغائر التي ارتضاها بعض الناس لأنفسهم، وهي لا تكشف إلا عن دخيلة أصحابها وما تخفي صدورهم تجاه الأزهر، وليس من الوفاء للوطن، ولا لدستوره الوليد، وعهده الجديد، هذه التفسيرات والتدبيرات "الباطنية"، التي لا تتفق مع مذهب أهل السنة والجماعة، وروحه الشفافة، التي يتفق فيها الظاهر والباطن، دون مناوراتٍ أو خداع".