رفض عدد من المفكرين الأقباط تعيين 12 قبطيًّا فقط في مجلس الشورى باعتبار أن الأقباط فصيل منعزل عن الشعب المصري، مرحبين بموقف الكنيسة بالابتعاد عن الصراعات السياسية الدائرة حاليا. واستبعد المفكر القبطي مدحت بشاي أن تكون الكنيسة قد رشحت الأعضاء ال12 لعضوية مجلس لشورى، لافتا إلى أنها من الممكن أن تكون رشحت منى مكرم عبيد وسامح فوزى فقط، معبرا عن غضبه من تعيينات الأقباط التي أظهرت أنه يتم التعامل معهم على أنهم أقلية. وأضاف بشاى أنها نكتة سخيفة أن يكون الإسلاميون 80% من مجلس الشورى ويتم تعيين 12 قبطيا فقط من بين 90 عضوا، متسائلا: أين العدل الذين يتفوهون به؟ مشيرا إلى أن حزب الحرية والعدالة هو الذى يسن القوانين ويشرعها، ومن العيب أن تعاد نفس المسلسلات التى كان يقوم بها الحزب الوطنى المنحل، معبرا عن أمنيته بأن يتم التعايش مع التجربة الإسلامية ونأمل لها التوفيق والنجاح. ورفض جمال أسعد مفكر قبطى اعتبار الأقباط فصيلاً منفصلاً عن الوطن، مؤكدًا أنه ضد الكوتة للأقباط من الأصل، مشيرا إلى أن من يقوم بالتفرقة بين أبناء الوطن هو من يريد إشعال الفتنة، مشددا على أن الكنيسة لم تقدم مرشحين لمجلس الشورى وأصدرت منشورا رسميا بذلك، واصفا ذلك بأنه موقف رائع وعظيم على عكس ما كانت تفعله إبان حكم النظام السابق. وأكد نجيب جبريل، محامى الكنيسة، أن الأقباط المعينين فى مجلس الشورى لا يمثلون الكنيسة ولا الأقباط؛ واصفا إياهم بأنهم شريحة من شرائح الإخوان، وقال: إن هذه التعيينات جاءت كمكافأة لمن ذهبوا إلى الحوار الذي دعت إليه جماعة الإخوان، وهم بذلك لا يمثلون إلا أنفسهم ونحن سميناهم (أقباط شورى الإخوان). وأضاف جبرائيل أن المشاهد نفسها تتكرر مثلما فعل الرئيس السابق حسني مبارك عندما أدخل الأقباط فى المجلس فقط كديكور لتجميل المنظر، لافتا إلى أن مؤسسة الرئاسة حاولت استقطاب الكنيسة إلى السياسة ولكنها رفضت لأنها ستظل منبرًا للدين وليس الأمور السياسية المتدنية، معتبرا أن ذلك موقف عظيم يحسب لها.
