في بادرة تعكس الثورة الداخلية علي أركان نظام البابا الراحل شنودة الثالث، قرر البابا تواضروس الثاني إقصاء الأنبا بيشوي الرجل الثاني بالكنيسة القبطية من منصبه كسكرتير للمجمع المقدس. وقال تواضروس ل "المصريون" إن اجتماع المجمع المقدس يوم الخميس المقبل سيناقش انتخاب سكرتير جديد لمجمع المقدس، لأن الأنبا بيشوي لن يستمر في منصبه كسكرتير للمجمع المقدس. وكشفت مصادر كنسية مطلعة أن باخوميوس القائم مقام بطريرك الكنيسة هو الأقرب لخلافة بيشوي في سكرتارية المجمع المقدس، مشيرة إلى أن بيشوي بات مغضوبًا عليه بشدة من جانب القيادة الكنسية الحالية بسبب تصريحاته المثيرة للجدل، حيث شكك في عصمة القرآن الكريم وكفر الإنجيليين والكاثوليك وبعض المفكرين الأقباط كجمال أسعد وكمال زاخر، في الوقت الذي تهدف فيه الكنيسة لعدم الاصطدام بالقيادة السياسية الحالية.