رحب حزب الحرية والعدالة الذراع السياسية لجماعة الاخوان المسلمين، باستقالة وزير النقل باعتباره المسئول السياسى عن الحادث مما يمثل تقليدا ديمقراطيا افتقدناه فى السابق، مطالبا فى الوقت نفسه بسرعة محاكمة المتسببين عن الحادث وأن ينالوا أقصى العقوبات التى وضعها القانون. رفض الحزب خلال بيان له تعليق هذا الحادث على الشماعة المسماة ب"الإهمال " كما كان فى الماضي، فهذا الحادث يتحمله كل المسئولين المعنيين فى وزارة النقل بدءا من أعلى هرم الوزارة وحتى عامل التحويلة الذى ترجم مرض الإهمال والفساد الذى اخترعه النظام السابق ورعاه، ولم يعد مقبولا أن يظل موجودًا بدون علاج جذرى بعد ثورة 25 يناير. ورأى الحزب أن منظومة النقل كلها تحتاج إلى تطوير وتحديث مهما كلفنا ذلك من أموال وجهد حفاظا على أرواح المواطن صاحب القرار الذى يعد صاحب القرار الآن فى مصر. و طالب الحزب الحكومة بتقديم التعويض المادى والمعنوى المناسب لأسر الشهداء وضحايا هذا الحادث الإجرامي. يتقدم حزب الحرية والعدالة بخالص العزاء لأسر تلاميذ معهد النور الأزهرى بأسيوط وتمنياته بالصحة والعافية للمصابين الذين راحوا ضحية دهس القطار للأتوبيس الذين كان يقلهم لمعهدهم الدراسي. ويؤكد الحزب أن هذا الحادث الأليم الذى أدمى قلوب الشعب المصرى بمختلف توجهاته يتطلب من الحكومة المصرية الضرب بيد من حديد على يد المفسدين الذين صنعهم النظام السابق وتفشوا فى معظم المرافق الحيوية، وتحديدا مرفق السكك الحديدية والمواصلات.