رصدت اللجنة المصرية المستقلة لمراقبة الانتخابات عدداً من الانتهاكات التي تسبب فيها أنصار الحزب الوطني وذلك من خلال مراقبي اللجنة الذين بلغ عددهم نحو 2200 مراقباً، والذين أكدوا وجود صعوبات بالغة أمام الناخبين في الوصول إلى مقرات الاقتراع نتيجة إعادة توزيعها وعدم إعلامهم بالأماكن الجديدة، وتعديل كشوف الناخبين، في الوقت الذي سجل فيه المراقبون أيضاً تمكن أنصار الحزب الوطني من توجيه الناخبين إلى مقرات الاقتراع الخاصة بهم. كما رصد المراقبون وجود عمليات انتهاك منظمة للحزب تورط فيها بعض قيادات وأنصار الحزب الوطني عبر طبعهم بطاقات انتخابية عليها صورة الرئيس مبارك لبعض المواطنين لتمييزهم عن بقية الناخبين. من أبرز الانتهاكات التي تضمنها تقرير اللجنة المستقلة لمراقبة الانتخابات الرئاسية أنه لم يتم السماح لمعظم مراقبي اللجنة بالدخول إلى داخل مقرات الاقتراع أثناء فترة فتح اللجان. وذلك التقرير أنه رغم التصريح المفاجئ للجنة الرئاسية العليا بالسماح لمراقبي المجتمع المدني بالدخول داخل اللجان "بشرط أن لا يعيقوا العملية الانتخابية فإن الواقع على الأرض لم يتغير كثيرا حيث لا يزال معظم القضاة يرفضون تنفيذ هذه التعليمات بحجة عدم وجود خطاب رسمي من اللجنة يفيد ذلك . كما أكد تعرض أربعة مراقبين تابعين للجنة للضرب من قبل ضباط شرطة بأسيوط، كما تعرض ثمانية مراقبين للتحقيق معهم في محافظات الإسكندرية و سوهاج و كفر الشيخ وأسيوط (مركز ديروط) وتعرض البعض الآخر لمضايقات أمنية متعددة. وسجل 20% من مراقبي اللجنة تأخير فتح اللجان الانتخابية عن الموعد الذي حدده القانون وهو الثامنة صباحا. وأن العديد من المراقبين أكدوا تأخر وصول الحبر السري إلى مقرات الاقتراع ، فيما سجل آخرون استخدام أحبار عادية يسهل إزالتها . وأوضح التقرير أنه حتى الثانية ظهرا كان نحو 90% من اللجان الانتخابية معلقا عليها لافتات دعاية انتخابية و 20% من اللجان الانتخابية تحتوى على دعاية داخلها، فيما سمح لقيادات الحزب الوطني بالدخول و الدعاية داخل بعض اللجان. أشتمل تقرير اللجنة في محافظة البحيرة على اتهام لأنصار الحزب الوطني بتوزيع منشورات على الناخبين لأخبارهم عن أماكن التصويت الخاصة بهم وتحتوي على صورة الرئيس مبارك فى الوجه الخلفي. كما اتهم الأجهزة الأمنية بمصادرة جماعية للبطاقات الشخصية للمواطنين في بعض المناطق الشعبية والريفية لإجبارهم على التصويت على أن ترد البطاقات إليهم بعد ذلك.
