اشتعلت الأزمة بين الشركة المصرية للأقمار الصناعية ووزارة التربية والتعليم بسبب تأخر الوزرة في دفع مديوناتها لدى الشركة وهو الأمر الذي جعل الشركة تقوم بغلق ثلاث قنوات تعليمية بقطاع القنوات التعليمية المتخصصة ، وهي قناة المعارف ، وقناة محور الأمية ، وقناة البحث العلمي من بين 7 قنوات يطلقها القطاع التعليمي . كما صرح مصدر مسئول بالقطاع أن لطيفة الشافعي عجزت عن حل هذه الأزمة من خلال التوسط بين الشركة والوزارة وتم تصعيدها إلى رئيس مجلس الوزراء من خلال مذكرة رفعتها لرئيس القطاع . أضاف المصدر أن قطاع النيل للقنوات المتخصصة يدرس بيع بعض القنوات للإعلامي الكبير عماد الدين أديب مقابل إشراف اتحاد الإذاعة والتليفزيون بنسبة معينة . جدير بالذكر أن قطاع النيل للقنوات المتخصصة استغنى مؤخرا عن بعض العمالة غير المثبتة بالقطاع وتحويل قنواته إلى البث الأرضي في ظل الخسائر المتواصلة والتي تعدت عشرات الملايين من الجنيهات .