حظى قرار الدكتور محمد مرسى رئيس الجمهورية باختيار السفير محمد رفاعة الطهطاوى رئيسًا لديوان رئيس الجمهورية بترحيب واسع النطاق، فى ظل ما يتمتع به من خبرة دبلوماسية على مدار سنوات طويلة، والذي ينتظر إعادة ترتيب أوراق مؤسسة الرئاسة بما يخدم أهداف ثورة 25 يناير، حيث كان من أهم المشاركين فيها. وقال الدكتور محمود عزب مستشار شيخ الأزهر أن السفير رفاعة الطهطاوى صديق عزيز له وللجميع وعالم كبير ومثقف من الدرجة الأولى، حيث إن ذكر اسمه يُذكر باسم حامل التنوير الشيخ رفاعة الطهطاوى. وأشار إلى أن الطهطاوى كرجل دبلوماسى كبير وكمستشار سابق لشيخ الأزهر هو مكسب للرئاسة وسوف تستفيد منه كثيرا، معتبرا أنه الرجل المناسب فى المكان المناسب، حيث يستطيع أن يرتب الأوراق فيها بما يدفع الوطن للأمام، ويحسب له وجوده الكبير فى الثورة. وأكد الدكتور ناجح إبراهيم القيادى بالجماعة الإسلامية إن الطهطاوى من الشخصيات المميزة فى الجانب العلمى والسياسى والأكاديمى ولديه خبرة كبيرة فى العمل الدبلوماسى مما يؤهله لهذا العمل. وأوضح أن من أهم مميزات الطهطاوى أنه يجمع بين الوجود فى الحركة الإسلامية والعمل فى مؤسسة الأزهر وبالسلك الدبلوماسى لذلك فهو يستطيع أن يدير ملفات مختلفه فى آن واحد، مشيرا إلى أن مشاركته القوية فى الثورة تجعله يعمل على خدمة أهدافها وإحداث طفرة فى العمل داخل مؤسسة الرئاسة. وأضاف أن الطهطاوى عليه مسئولية كبيرة فى ترتيب مؤسسة الرئاسة من الداخل، وأن يجعل لها هيبة وقدرة على الاحتواء للقوى السياسية وتنظيم العمل جيدا فيها ومساعدة الدكتور محمد مرسى فى أداء عمله. ووصف الدكتور محمد الجوادى، المفكر السياسى تعيين الطهطاوى رئيسا لديوان رئيس الجمهورية بأنه قرار صائب، مؤكدا أن هذا القرار يعمل إلى حد كبير على تحقيق مطالب الشعب والقوى الثورية، مشيرا إلى أن القرار يعتبر بداية جيدة مطالبا الدكتور مرسى فى أن يستمر فى اتخاذ مثل هذه القرارات. بينما اعتبر الدكتور يسرى عزباوى المحلل السياسى أن تعيين الطهطاوى يحمل مفاجأة بكل المقاييس، وجاء نتيجة للظروف السياسية التى تمر بها البلاد خاصة احداث رفح وتأخير تشكيل الحكومة، واعتبر أن الطهطاوى هو أنسب شخص لهذا المنصب ذلك لأنه من القيادات التى شاركت فى ثورة 25 يناير وقامت بدور فعال فيها. وفى مسقط رأسه بسوهاج، تلقت القوى السياسية خبر تعيين الطهطاوى بأريحية شديدة وسعادة بالغة، خاصة أنه أحد أبناء مركز طهطا بسوهاج وحفيد رفاعة الطهطاوى رائد النهضة المصرية وأحد رموز محافظة سوهاج، معتبرين إياه خير سفير لهم فى رئاسة الجمهورية. وقال الدكتور صابر حارص أستاذ الإعلام بجامعة سوهاج إن الطهطاوى تعرف الرأى العام على ثوريته ونزاهته حينما قدم استقالته لشيخ الأزهر كمتحدث رسمى وذهب هو وأبناؤه لميدان التحرير منذ اليوم الأول لها وأصيب أحد أبنائه جراء ذلك، إذن فهو رجل ثورة من الطراز الأول. وأكد الدكتور محمد المصرى الأمين العام لحزب الحرية والعدالة بسوهاج أن الطهطاوى شخصية مشهود لها بالكفاءة والاحترام، وأن اختيار الدكتور مرسى له يعتبر إضافة قوية للمكان، مؤكدا أن توليه هذا المنصب شرف لصعيد مصر عامة وسوهاج خاصة كما أنه فرصة قوية للصعيد أن يكون له مكان فى رئاسة الجمهورية.