كشف مصدر بلجنة نظام الحكم عن نشوب خلافات حادة بين اللواء ممدوح شاهين ممثل المجلس العسكري بالجمعية التأسيسية وبين بقية الاعضاء - خلال مناقشات قانون السلطة القضائية - بعدما اقترح شاهين أن يضمن القضاء العسكري بباب القضاء العادي كضمانة لاستقلاله بعيدا عن باب القوات المسلحة، إلا أن غالبية أعضاء اللجنة تمسكوا بأن يدرج بالقضاء العسكري بعيدا عن القضاء العادي، وانتهت مناقشات اللجنة اليوم الأحد دون التوصل للقرار نهائي. وقال المستشار نور الدين عضنو اللجنة ان المجلس الاعلى للقوات المسلحة يرى ان ضم السلطة القضائية لباب السلطة القضائية يعتر ضمانة للمواطنين لانه سيخرج للقضاء العادي ويمنح نفس الضمانات الخاصة بالقضاء العادي.
فيما ترى وجهة النظر الاخرى ان وجود القضاء العسكري في باب القوات المسلحة يجعله قضاء تابع وليس مستقل لانه يخضع للتصديق ويخضع للرتبة العسكرية كما انه قضاء له خصوصية لانه يحاكم نوعية معينة من الاشخاص . على جانب اخر ،كشفت مصادر المناقشات داخل لجنة الاجهزة الرقابية " احدى لجان الجمعية التاسيسية لصياغة الدستور " عن وجود اتجاه لضم هيئة قضايا الدولة الى القضاء العادي , وهو المقترح المقدم من المستشاران نور الدين على وناجي دربالة وهو المقترح الذى لاقى اجماع من جميع اعضاء اللجنة . ومن ناحية أخري انتهت لجنه السلطة القضائية المنبثقة عن نظام الحكم بالجمعية التأسيسية لوضع الدستور، خلال إجتماعها من مناقشة الاطروحات الخاصة بباب السلطة القضائية داخل الدستور الجديد بما فيها القضاء العسكرى وسلطات المحكمة الدستورية العليا. وقال المستشار تيمور مصطفى كامل، مقرر لجنه السلطة القضائية، ان اللجنه أكدت على عده مبادىء اساسسية على رأسها إستقلال القضاء وصياغه ضمانات حقيقه لضمان ذلك بحيث يكون قضاء متخصص ودعم هذا المبدأ حيث سيوضع لكل هيئة قضائية نص دستورى بما اتفق عليه خلال المناقشات مع مراعاه المساواه بين جميع الهيئات. وفيما يتعلق بالقضاء العسكرى، طالب ممثل المحكمة العسكرية بأن يضم اختصاصات القضاء العسكري إلى باب السلطات القضائية بالدستور الجديد، وهو ما رفضه عدد من أعضاء اللجنه الذين يفضلوا بقاء "القضاء العسكرى" كما هو فى دستور 1971 على أن يفصل فى قضايا الجرائم العسكرية مطالبين بتحديد سلطات القضاء العسكرى عن طريق القانون، إذا انه النص الافضل من وجه نظرهم. وأضاف مصطفى كامل، أن اللجنه اتفقت على ضرورة عدم تدخل رئيس الجمهورية فى تعيين رئيس أى محكمة حيث تم الاتفاق على تعيين رئيس محكمة النقض والدستورية العليا والنائب العام عن طريق الجمعيات العمومية لتلك الهيئات على أن يصدق رئيس الجمهورية على الُمنتخب. وعن الضمانات والمبادىء التى تضمن استقلال الهيئات القضائية اكد كامل، على أن هناك اتجاه داخل اللجنه لضرورة وجود نص دستورى على استقلال القضاء وحصانته وعدم التدخل فى شئون القضاء والعداله ومنع وسائل الإعلام فى التدخل على أى قضية أو التأثير عليها، وأن تكون كل جهة قضائية مختصة بشئونها وتحديد المرتبات مع مراعاه المساواه بين كافة الهيئات القضائية فى سقف الباب المالى لكل مؤسسة وعدم حصول اى قاضى على اى ميزه ماليه أو عينيه دون غيرة ،والموازنه مستقلة لكل الجهات القضائية. وشددت اللجنه حسب كامل على ضرورة سرعه الفصل فى القضايا وحق الدفاع مكفول والنص على ضمانات تتعلق بالحبس والاعتقال مع حق كل شخص فى التظلم، وعقد الجلسات علنيه إلا إذا رأت المحكمة السريه أثناء نظرها لبعض القضايا وتجريم كل من لا ينفذ الاحكام القضائية. وأوضح كامل، أن هناك اتجاه داخل اللجنه لانشاء جهاز للشرطة القضائية يتابع تنفيذ أحكام القضاء. وحسب كامل، فأنم اختصاصات النائب العام فى الدستور الجديد ستحدد برفع الدعوى القضائية ومباشرتها والاشراف على السجون لاول مرة. وبالسنبة لوضع مجلس الدولة فانه يختص بكافة المنزاعات االادارية ولا يجوز لا يجوز تحصين أى قرار إدارى من الرقابة الادارية، أما المحكمة الدستورية فتفصل فى دستورية النص والنزاع فى القوانين ورئيسها تتولى المحكمة الدستورية اختيارة.، اما النيابة الادارية فهى مستقلة. وحول وضع هيئة قضايا الدولة، فهناك مقترحان إما بقاءها على وضعها الحالى كما جاء بدستور 71 أو أن يتم دمجها بالقضاء العادى.
