حصل معهد جنوب مصر للأورام على الاعتماد الأكاديمي من الهيئة القومية لضمان جودة التعليم والاعتماد ليحتل بذلك المرتبة التاسعة على مستوى كليات جامعة أسيوط في الحصول على الاعتماد وذلك بعد كليات "العلوم، الهندسة، الطب البيطري، الطب البشري، الصيدلة، الزراعة، التربية والآداب". ومن جانبه أكد الدكتور مصطفى الشرقاوي، عميد المعهد، أن بذلك القرار يكون معهد جنوب مصر للأورام أول معهد أكاديمي مانح لدرجتي الماجستير والدكتوراه في مصر ليحصل على الاعتماد، وهو ما يُعد فخرًا ونجاحًا جديدًا يضاف إلى سجل إنجازات جامعة أسيوط، موضحًا أن رحلة الحصول على الاعتماد بدأت منذ عام 2009 بمشروع إنشاء وحدة ضمان الجودة بالمعهد، والذي استغرق عامًا ثم أعقبه في 2012 التقدم في الدورة السابعة لمشروع CIQAP، كما تم في 2013 التقدم في الدورة الثامنة لنفس المشروع. وأضاف عميد المعهد، أن خلال تلك السنوات نجح المعهد فى إنجاز عدد من الخطوات المهمة للتأهيل للاعتماد وذلك بفضل عمل مستمر ومجهود وتنسيق متواصل تعاون فيه أعضاء هيئة التدريس ومعاونوهم والعاملون به، والذي تتضمن تطوير منظومة العمل بوحدة ضمان الجودة من خلال لائحتها الداخلية بما يضمن تعزيز الأنشطة والمهام للحصول على الاعتماد، وكذلك إعداد تقارير سنوية لمتابعة أداء المعهد منذ 2013 وحتى 2016، والتي أظهرت قيام المعهد بأنشطة المتابعة والتطوير مع التقييم الأداء فيما يخص القدرة المؤسسية والفاعلية التعليمية للمعهد وتأهيله للاعتماد. وأشار إلى أنه تم وضع خطة إستراتيجية للعمل في الفترة من 2012 إلى 2017 والتي تم تقييمها من قبل لجنة للمراجعة، وذلك لتحديد مستويات الإنجاز للأهداف الإستراتيجية خلال السنوات السابقة وتحليل مستويات الإنجاز وتحديد أسباب النجاح والقصور في التنفيذ؛ لتطوير مستوى الأداء وتقدمه بشكل مستمر.