قرر المستشار محمد شوقي، قاضي التحقيق المنتدب من قبل وزارة العدل للتحقيق في حرق ملفات أمن الدولة عقب ثورة 25 يناير، إحالة كل من: اللواء حسن عبد الرحمن، رئيس جهاز مباحث أمن الدولة السابق، ونائبه اللواء طارق أبو غيده، و39 آخرين من رؤساء الفروع ومديري قطاعات الأمن، والأرشيف بالفروع المختلفة بالمحافظات، إلى محكمة الجنايات لاتهامهم بإتلاف مستندات تابعة لجهة عملهم، بأن قاموا بإصدار تعليمات وأوامر بحرق ملفات أمن الدولة في كل أفرع الجهاز. وتبين من التحقيقات أن «عبد الرحمن» هو المتهم الوحيد المحبوس، فيما يحاكم باقي المتهمين وهم مخلي سبيلهم وأغلبهم خارج الخدمة. ووجه المستشار محمد شوقي فتحي، إلى المتهمين تهم الإتلاف العمدي لأوراق الجهة التى يعملون بها بأن قاموا بفرم ووضع النيران بأرشيف إدارات وفروع ومكاتب جهاز أمن الدولة. كما أسند إلى المتهمين أيضا، تهم، اشتراكهم عن طريق التحريض والمساعدة على ارتكاب تلك الجريمة، بأن أصدروا أوامر تتضمن تحريضًا على ارتكاب جريمة الإتلاف العمدي لمستندات الجهة التى يعملون بها بأن حرضوهم على ارتكابها وساعدوهم بأن أصدروا التعليمات لهم ومعاونيهم التي مكنتهم من ارتكاب تلك الجريمة فتمت الجريمة بناءً على ذلك التحريض وتلك المساعدة. ووجه قاضي التحقيقات إلى المتهمين تهمة الاضرار العمدي بمصالح الجهة التي يعملون بها وهى جهاز مباحث أمن الدولة بأن أتلفوا أرشيف إدارات وفروع ومكاتب الجهاز على النحو الوارد في التحقيقات مما أدى إلى حرمان الجهاز والدولة من معلومات ووثائق هامة تتعلق بالأمن القومي المصري. واستمع قاضي التحقيق خلال تلك القضية إلى أقوال «عبد الرحمن»، الذي أنكر الاتهامات المنسوبة إليه، واعترف بأنه أصدر تعليمات بحرق الملفات المصنفه تحت بند «سري للغاية» فقط، ولم يصدر تعليمات بحرق الملفات التي تحمل «سري جدًا»، وعلل ذلك بأنه كان يعرف أن هناك هجومًا سيحدث على القطاعات، وخشي من الاستيلاء عليها، ونشر تلك الوثائق التي كانت ستضر بأمن الدولة وكافة أجهزتها، وأضاف خلال التحقيقات أن كل تلك الملفات محفوظة على أسطوانات، وأن حرقها كان لمجرد عدم تسريبها للعامة، وأكد أن كل المستندات موجودة، وهو ما ينفي اتهامه بإتلافها. واستمع قاضي التحقيق لشهادة اللواء محمود وجدي، وزير الداخلية، الأسبق، وقال إن معلوماته عن تلك الواقعة تتلخص في أنه علم بأن هناك تعليمات صدرت إلى رؤساء القطاعات بحرق وفرم ملفات أمن الدولة. وقال رؤساء 12 فرعًا خلال التحقيقات، إنهم نفذوا أوامر «عبد الرحمن» ونائبه، وقتها اللواء طارق أبو غيدة، وأبلغوا الضباط المسؤولين بقرار رئيس الجهاز. وكشف أحد الضباط خلال التحقيقات عن أن نجل شخصية بارزة في القوات المسلحة، كان يعمل ضابطًا في فرع أمن الدولة السابق بمحافظة الإسكندرية، كان ضمن الضباط المحتجزين من جانب الأهالي، فأرسل والده فرقة خاصة من الجيش لإطلاق سراحه.
