لم تكن العلاقة بين الرئيس السادات والبابا شنودة الثالث على ما يرام، وسرعان ما قرر السادات التحفظ عليه فى دير الأنبا بيشوى بوادى النطرون، وإلغاء قرار تعيينه، وتشكيل لجنة لإدارة الكنيسة. وبتولى حسنى مبارك مقاليد الحكم فى 14 أكتوبر 1981 خلفاً للسادات بعد اغتياله، أجرى عددًا من الزيارات الخارجية، فأوفد البابا شنودة بعض الأساقفة لأبناء الكنيسة من المتواجدين بالمهجر لتهدئة الأجواء وضرورة الترحيب بالرئيس حفاظًا على صورة مصر، وكانت هناك عدة محاولات لإلغاء تحديد إقامة البابا، إلى أن قام مبارك فى 3 يناير 1985 بإصدار قرار جمهورى بإلغاء قرار السادات، وإعادة تعيين الأنبا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية، بطريرك الكرازة المرقسية. وضمّت قائمة الاعتقالات 1536 مفكرًا وسياسيًا ورجل دين وتم تشكيل لجنة للقيام بالمهام البابوية ضمت خمسة أساقفة هم الأنبا مكسيموس، أسقف القليوبية، والأنبا صموئيل، أسقف الخدمات، والأنبا جريجوريوس، أسقف البحث العلمى، والأنبا أثناسيوس، أسقف بنى سويف، والأنبا يوأنس، أسقف الغربية، وشملت قرارات التحفظ 8 أساقفة بسجن المرج هم الأنبا أمونيوس، أسقف الأقصر، والأنبا بمواك، والأنبا بنيامين، أسقف المنوفية، والأنبا بيشوى، أسقف دمياط، والأنبا بيمن، أسقف ملوى، والأنبا تادرس، أسقف بورسعيد، والأنبا فام، أسقف طما، والأنبا ويصا، أسقف البلينا، بالإضافةً إلى 24 قسيسًا منهم القمص إبراهيم عبده والقمص بولس باسيلى والقمص بيشوى يسى والقمص عبدالمسيح بسيط أبوالخير، وكان وقتها خادمًا فى الكنيسة، وتمت مصادرة عدد من الصحف من بينها الكرازة ووطنى، ووجُهّت اتهامات لهم بالتعصب وتعريض الوحدة الوطنية للخطر، كما وجهت للبابا تهمة الحض على كراهية النظام وإضفاء الصبغة السياسية على منصب البطريرك. الكاتب والمفكر كمال زاخر قال إن العلاقة بين الرئيس السادات والبابا شنودة بدأت متوترة، حيث شهدت منطقة الخانكة حادثا طائفيًا فى نوفمبر عام 1972، وأضرم متشددون النيران فى الكنيسة ومنازل ومحال لأقباط، وهو ما دفع الكهنة للمرة الأولى للخروج فى مسيرة والإصرار على الصلاة على أنقاض الكنيسة المحترقة، وهو ما اعتبره السادات تهديداً من البابا شنودة. أضاف: «بعد فترة قليلة زار الرئيس السادات الكاتدرائية، بالعباسية، وظل يومًا كاملًا مع البابا شنودة يتحدثان سويًا، ما خفف من حدة التوجس الذى استحوذ على السادات إزاء الواقعة، ثم توترت العلاقة مرة أخرى عقب زيارة البابا للولايات المتحدةالأمريكية»، وتابع: «دخل طرف ثالث فى العلاقة بين الرئيس والبابا وهو الخليج والسعودية التى كانت تريد تغيير هوية مصر، ما انتهى بالتحفظ على البابا فى دير الأنبا بيشوى بعد أحداث الخانكة، وتمت مصادرة صحف ومجلات كنسية».
