نبه عدد من الخبراء إلى مدى خطورة صدور قرار من المحكمة الجنائية الدولية باعتقال الرئيس السودانى عمر البشير - على الأمن القومى المصرى، نظرا لما قد يترتب على هذا القرار من خلق حالة من الفوضى على الحدود المصرية، بالإضافة إلى ما قد يترتب عليه من تفكك السودان، وتأثير ذلك على التلاعب بمياه النيل. وقال الدكتور هانى رسلان، رئيس وحدة دراسات السودان وحوض النيل بمركز الأهرام للدارسات السياسية والإستراتيجية، «إن قرار اعتقال البشير لن يصب فى مصلحة الامن القومى المصرى، خاصة فى حالة تصعيد القرار من قبل مجلس الامن، لما فى ذلك من تأثيرات سلبية على وحدة السودان الداخلية». وأضاف «إن أى تصعيد للموقف سيضع مصر أمام مجموعة من المخاطر اهمها، ضرورة اعادة صياغة التوازنات الاستراتيجية بمنطقة حوض النيل، بالاضافة الى فقدان السيطرة على امن البحر الاحمر، وما قد يترتب على هذا القرار من خلق قوى سياسية فى الجنوب السودانى، تقوم بالعبث بمياه النيل، لمصلحة دول اخرى، للضغط على مصر، سياسيا واقتصاديا». وأكد رسلان أن أى تدهور للاوضاع السودانية قد يؤدى الى قطع الطريق امام مصر الى أى شراكة او تعاون سياسى او اقتصادى مع دول حوض النيل بداية من السودان، وحتى منطقة القرن الافريقى. وأوضح رسلان أن «إدراك مصر لمدى خطورة هذا الموقف هو ما دفعها للتحرك اكثر من مرة لمحاولة استصدار قرار بتأجيل المحاكمة، ثم المحاولات الحالية التى تجرى لاستصدار قرار بتجميد اعتقال البشير». ووصف رسلان البيان الصادر من الخارجية السودانية عقب صدور قرار الاعتقال، والذى يؤكد على مشاركة البشير فى قمة الدوحة، المزمع عقدها اواخر مارس الجارى، بأنه تحد واضح للمحكمة الدولية، مشيرا إلى أن الكلام عن مشاركة البشير او نائب عنه فى قمة الدوحة، كلام سابق لأوانه، ولا يدل الا على اصرار السودان على موقفه من رفض تدخل المحكمة الدولية باى شكل فى سياسيته الداخلية». ومن جانبه قال اللواء محمود خلف، مستشار مركز دراسات الشرق الاوسط، إن إصرار السودان على مشاركة البشير، بشكل شخصى فى قمة الدوحة المقبلة، كنوع من انواع التحدى لقرار المحكمة الدولية، قد يضع الدول العربية، والدولة المضيفة، فى موقف «محرج»، مع المحكمة الدولية، والدولة المحركة للقرار، وعلى رأسها الولاياتالمتحدة وبريطانيا». وأشار خلف، الى ان الجهود المصرية التى تبذل حاليا، تؤكد على ادراك الخارجية المصرية لمدى خطورة الوضع، فى حالة سقوط البشير، وخلق حالة من الفوضى على حدود مصر.
