شهدت لجنة نظام الحكم بالجمعية التأسيسية للدستور خلافًا حادًا بين أعضاء الجمعية حول ضم القضاء العسكري لباب السلطة القضائية في الدستور أو الإبقاء عليه تابعًا لوزارة الدفاع، ما أدى إلى اتخاذ قرار باللجوء إلى التصويت لحسم هذا الخلاف. وقال الدكتور رمضان بطيخ، أستاذ القانون الدستوري وعضو لجنة نظام الحكم بالجمعية التأسيسية: «إن اللجنة أحالت مسألة ضم القضاء العسكري لباب السلطة القضائية في الدستور الجديد إلى اللجنة العامة بالجمعية التأسيسية لحسم الأمر بالتصويت بعد الخلاف الذي شهدته الجمعية الأيام الماضية حول تبعية القضاء العسكري لوزارة الدفاع أو تبعيته للسلطة القضائية. وأضاف «بطيخ»، في تصريحات صحفية، الإثنين، أن الفريق المعارض للأمر يرى أن تبعية القضاء العسكري للسلطة القضائية المدنية يعني تلاشي علاقة القضاء العسكري بوزارة الدفاع من حيث تعيين القضاة وضرورة إزالة الرتب، وسيكون خاضعًا لمحكمة النقض وأمور التدرج في التقاضي وحق الطعن على الأحكام الصادرة منه، في حين رأى أعضاء الجمعية من القوات المسلحة أنه ينبغي التوفيق في الدستور بين ضم القضاء العسكري للسلطة القضائية وبقائه تابعًا لوزارة الدفاع. وأضاف أن الجدل احتدم حول مناقشة هذين المقترحين ما أدى إلى حسم اللجنة للقضية برفعها للتصويت في اللجنة العامة بالجمعية التأسيسية، مؤكدًا أنه رغم ذلك فإن الجميع اتفق على أن القضاء العسكري يجب أن يتمتع باستقلال، وأن هناك ظروفًا خاصة يجب مراعاتها في مناقشة هذه القضية وإلحاق القضاء العسكري بباب السلطة القضائية. وقال الدكتور داوود الباز، أستاذ القانون الدستوري، عضو لجنة نظام الحكم بالجمعية التأسيسية: «إن الآراء التي تم طرحها حول مناقشة قضية إلحاق القضاء العسكري بباب السلطة القضائية كشفت أن هناك إيجابيات وسلبيات، حيث أكد بعض أعضاء الجمعية ضرورة إلحاق القضاء العسكري في باب السلطة القضائية المدنية، حتى لا تخضع مصر لحرج دولي ناشئ عن مد ولاية المحكمة الجنائية الدولية لمحاكمة بعض الأشخاص في حال بقاء القضاء العسكري في باب السلطة التنفيذية، لأن هذه المحكمة تشترط أن تكون المحاكمة أمام جهة قضائية مستقلة، في حين أكد البعض الآخر أن نقل القضاء العسكري لباب السلطة القضائية يتطلب تحقيق الشروط التي يجب توفرها في القضاء العسكري وهي إزالة الرتب العسكرية وخضوع هذا القضاء بالكامل للقضاء المدني وليس لوزارة الدفاع، ليكون كل قاض صاحب رأي حر حتى ينطق بما يقتنع به وليس ما يملي عليه، وأن يكون تعيينه بعيدًا عن وزير الدفاع باعتباره القائد العام لكل الرتب العسكرية التي يتم من بينها تعيين هؤلاء القضاة، وأن يكون اختيار أعضاء القضاء العسكري منذ التحاقهم بالعمل القضائي مثلما يختار أعضاء القضاء المدني، وأن يخضع القضاء العسكري للتفتيش القضائي كما يحدث في القضاء المدني، وهو ما لم يعترض عليه ممثلو القوات المسلحة في الجمعية، إلا أنهم اعترضوا على أن يكون التعيين من جهة غير القوات المسلحة وهو الأمر الذي رفضه باقي أعضاء اللجنة. وتنص المادة التى اقترح ممثلو القوات المسلحة إضافتها فى باب السلطة القضائية على أن «القضاء العسكرى هيئة قضائية مستقلة تختص دون غيرها بالفصل فى كل الجرائم المتعلقة بالقوات المسلحة وضباطها وأفراداها على النحو الذى يحدده القانون ولا يجوز محاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري، إلا فى الأحوال المبينة في القانون».
