دقت الكنائس المصرية أجراسها حزنًا على رحيل قداسة المتنيح الأنبا شنودة، لتتجه الأنظار إلى نيافة الحبر الجليل الأنبا باخوميوس مطران البحيرة والخمس مدن الغربية باعتباره أصبح قائم مقام الكنيسة القبطية الأرثوذكسية والذى سيتولى إدارة الكنيسة خلال المرحلة المقبلة حتى يتم اختيار البطريرك الجديد رقم 118 فى تاريخ الكنيسة المصرية. وعلمت "المشهد" أن تأخر سبب نقل جثمان البابا شنودة بالطائرة نظرا للزحام الشديد فى الكاتدرائية وعدم قدرة الأساقفة على الوصول إلى مطار الماظة حتى الآن، حيث إن هناك طائرة ثانية ستقل الأساقفة مع الطائرة الخاصة بجثمان البابا شنودة، وخلال دقائق ستقلع الطائرة إلى وادى النطرون بالقرب من منتصف طريق مصر اسكندرية الصحراوى، بعد أن اتم الدير استعداداته وتركيب الرخام الخاص بمكان وضع الجثمان والكسوة الخاصة التى ستلف بها الصندوق ولم يتبق سوى وصول الجثمان ليتم السير به فى الدير لتحل البركة ثم يوضع فى المكان المخصص ويغلق بقطعة رخام من أعلى ليغلق المكان. وبالرغم من دموع الأقباط وصراخهم لرحيل البابا إلا أن الأنبا باخوميوس حاول تهدئتهم بالرغم من ان الدموع كانت تملأ عيناه والحزن يظهر فى صوته ولكنه خاطب الجموع قائلا: باسم الكنيسة ومجمعها المقدس نودع علي رجاء القيامة قداسة البابا الأنبا شنودة راعي رعاتنا ورئيس كنيستنا ومعلمنا وأبينا ثالث عشر الرسل، أبينا الحبيب نودعه علي رجاء القيامة ونحن يعز علينا رحيله الذي تربينا علي يديه منذ أكثر من نصف قرن، ويقود الكنيسة منذ النصف الأول من القرن الماضي والذي ترك أثراً عميقاً في الكنيسة والمجتمع، لن ننسي عمله معنا في كنيستنا قادها كربان حكيم وحفظ الكنيسة في مسارها فلم تنحرف وفي قوة الصلاة قادها فكثرت الصلاة في الأديرة والكنائس. أضاف بقوله: قاد مسيرة التجديد في الكنيسة عندما نشر تعليماً أرثوذكسياً سليماً فتعددت المعاهد الأرثوذكسية بالفكر الأرثوذكسي السليم، قاد حركة التكريس في الكنيسة فتكرس علي يديه الكثير من الشباب وعمل عملاً رعوياً قوياً بفعل الروح القدس الذي عمل فيه فهو رجل الرعاية الأول ولن ننسي علي مدي الدهر ما حققه في حياتنا وحياة الكنيسة، والكلمات تعجز عن وصفه فهو مثال في القيادة فكان موسي النبي وكانت يشوع وكان نحميا وكان يوحنا وبولس الرسول في عصرنا، فقد كان قيادة أثرت في العالم كله، وصدق الوحدة الوطنية وكان قائدها إن قوة تأثيره وعمله القيادي وحد الكنائس في العالم فها نحن نري كل ممثلى الكنائس في العالم الأثيوبية والسريانية والكاثوليكية والإنجليكانية. شدد الأنبا باخميوس بقوله: هذا التجمع إنما بفضل قيادته الحكيمة التي أثرت وجمع القلوب كما نري أخوتنا المسلمين من الشرق والخليج، فهذه ثمار قوة القيادة والعمل الذي قام به احتذي به تلاميذه الكازين والذين صار صوتهم مسموعاً في كل العالم، فالكلمات لا تكفي أو تعبر عن حقيقة هذا المحبوب البابا شنودة والذي صنعه البابا في جيله ولكن سوف يستمر هذا الصوت إلي مجيء ربنا يسوع المسيح بمجده، هو يسمع صوتاً اليوم أدخل إلي فرح سيدك ونحن نصلي أن يشفع فينا لكي ما يكون لنا نصيباً معه في المجد السماوي ونحن إذ نودعه علي رجاء القيامة نقول له أمضي يا أبانا إلي موضع راحتك اذكرنا أمام عرش النعمة صلي لكي ما يكمل الرب أيامنا بسلام كما كملت أيامك بسلام.