نعت محمد الظواهرى القيادى بتنظيم السلفية الجهادية وشقيق زعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهرى، نظام الرئيس محمد مرسى بأنه "نظام مدنى غير إسلامى، ديمقراطى علمانى". وقال الظواهرى خلال حواره فى برنامج "خارج الإطار" على قناة التحرير، "إن القائمين على النظام يدعون أن لديهم خلفية إسلامية وحتى الآن لم نر منهم ما يدل على ذلك، وأضاف: "ما نقوم به الآن هو الدعوة حتى تعود الأمة إلى دينها، وإذا اعتدوا علينا سنقوم بالدفاع عن أنفسنا وحقنا فى ذلك يكفله الشرع ".