كشف تقرير الجهاز المركزى للمحاسبات على نتائج أعمال شركة "النيل للأدوية والصناعات الكيماوية" عن العام المالى 2010\2011، وجود بعض الملاحظات الهامة تلك الفترة والتى تتمثل فى: أن قيمة المخزون بلغت حتى 30\6\2011 نحو 137 مليون جنيه بزيادة قدرها 20 مليون جنيه عن العام السابق بنسبة 17% متمثلة في نحو 7.2 مليون جنيه قيمة خامات "التامينيل" ومستحضرات تامة الصنع تنتهى صلاحيتها (يناير 2012), ونحو 6 ملايين جنيه قيمة خامات خاصة بمستحضر "كوربونيك" مشتراه منذ ديسمبر 2009 ولم يتم استخدامها ولم تحصل الشركة إخطار تسجيل للمستحضر حتى تاريخه, ونحو 673 ألف جنيه قيمة خامات خاصة بمستحضرات "أوسبين" والمتوقف إنتاجه لعدم مطابقة قسم الإنتاج لمواصفات وزارة الصحة "GMP" منذ عام 2008, ونحو 415 ألف جنيه مستحضر "ايجيفرت 3 ملايين وحدة إنتاج" 5\2010 لم يتم الإفراج عنها من الهيئة القومية للرقابة والبحوث الدوائية. وأظهر التقرير أن الشركة تحملت نحو مليون جنيه قيمة مستلزمات ومستحضرات تحت التشغيل طبقاً للاتفاق المبرم مع "شركة أورجانون" فى مارس 2011 بخلاف نحو 1.4 مليون جنيه قيمة الخامات المتبقية ضمن المخزون، بالمخالفة لما ورد بالملحق رقم (1) من الاتفاق، الذى يقضى بالتخلص من المتبقى من بضائع، وهى المكونات الدوائية النشطة والمواد الفعالة والشحنات مع تقديم الشهادة التى تثبت عملية التخلص يتعين بيان أسباب ذلك. كما تبين وجود نحو 174 ألف جنيه نقص فى قيمة آلات قسم البيوتكنولوجى المتوقف بقرار وزارة الصحة منذ مايو 2010 نتيجة احتساب إهلاك بخلاف ما أقرته دراسة الأعمار الإنتاجية المعدة بمعرفة الشركة. كما أظهر التقرير، أن مبيعات الشركة "المصرية لتجارة الأدوية" للمستشفيات والهيئات الحكومية والقطاع الخاص (الصيدليات)، حيث بلغت فى 30\6\2011 نحو 171 مليون جنيه، مقارنة بنحو 207 مليون جنيه مبيعات عن نفس الفترة من العام السابق بنسبة انخفاض قدرها 47% تقريباً. كمل تحملت الشركة نحو 5.2 مليون جنيه خسارة بيع أصناف تزيد تكلفتها عن سعر البيع, ونحو 1.3 مليون جنيه غرامات التأخير وعدم التوريد للمستحضرات، طبقاً لأوامر توريد الشركة المصرية للأدوية. وكشف التقرير عن أن صافى القيمة الدفترية لبندى الآلات ومعدات وسائل النقل بلغت نسبة 34%, 31% من تكلفتها على التوالى كما بلغت فى أقسام (الفوارات – البنسلين والمراهم وص,ت السوائل) أقل بنسبة 10% من تكلفتها، مما يتطلب أعادة الإحلال والتجديد لهذه الأقسام فى ظل التطوير التكنولوجى لصناعة الدواء. كما أظهرت نتائج أعمال الشركة خلال العام المالى 2010-2011 تحقيق إيرادات نحو 347.446 مليون جنيه مقارنة بنحو 352.232 مليون جنيه إيرادات عن العام المالى السابق, كما حققت الشركة صافى ربح قدره 48.086 مليون جنيه بانخفاض قدرة 21.5% مقارنة بنحو 61.311 مليون جنيه عن العام المالى السابق.