قدم الدكتور ياسرعلي المتحدث باسم رئاسة الجمهورية، التعازي لذوى شهداء الحادث الغادر، مشيرًا إلى أن حجم الحزن في قلب الرئيس مرسي كبير، سائلًا الله عدم تكرار هذه الحوادث، ولافتًا إلى أن الرئيس مرسي زار مستشفى كوبري القبة لتفقد حالة المصابين وتابع الخدمات المقدمة لهم واستمع لشرح حول حالتهم. وأوضح "علي" خلال مؤتمر صحفي عقد منذ قليل أن الرئيس محمد مرسي حرص على التواجد الجماهيري في الجنازة وعدم التضييق عليهم، لافتًا إلى أن مشاركة الرئيس كانت ستزيد من التواجد الأمني وتمنع الجماهير من الحضور. واكد ان الرئيس مرسي قال :" هذه مصيبة كل مصري وأنا أولهم"، وامتنع عن الحضور رغم أنه كان يتمنى ذلك، حرصًا على أن تكون الجماهير قادرة على الحضور"، مشيرًا إلى أن الرئيس أناب المشير طنطاوي للحضور نيابة عنه، نافيا أن تكون التظاهرات هي السبب في غياب الرئيس مرسي، "لأن المظاهرات أصبحت مشهدًا عاديًا في مصر بعد الثورة". وقال علي إن الرئيس عقد اجتماعًا، الثلاثاء، مع رموز القوى السياسية والجماعة الوطنية المصرية بهدف التشاور وإطلاعهم على ما يحدث في رفح، بحضور وزير الدخلية ومدير المخابرات العسكرية، مشيرًا إلى أن اللقاء تناول الإجراءات التي تتم على الأرض لمعالجة المشهد في أعقاب حادث رفح، وتعقب الجناة ومنع تكرار الحادث. وأكد أن الرئاسة تتبع كل الخيوط لمعرفة الجناة، مشددا على أهمية سيناء بالنسبة للأمن القومي المصري للتنمية والاستثمار، ومشيرا إلى أنه تم تشكيل غرفة عمليات من كل القيادات الأمنية ستصدر تقريرًا كاملًا عن الحادث ومرتكبيه. وزار الرئيس محمد مرسي المصابين في الهجوم بمستشفى القبة العسكري، وكان في استقباله لدى وصوله، المشير محمد حسين طنطاوي، رئيس المجلس الأعلى للقوات المسلحة ووزير الدفاع والإنتاج الحربي، واللواء هارون أبو سحلي، قائد المجمع الطبي بكوبري القبة، وعدد من كبار الأطباء بالمستشفى. واطمأن الرئيس على الأوضاع الصحية لأربعة من المصابين اثنان منهم من القوات المسلحة واثنان من الشرطة، وتأكد الرئيس من تقديم كل أشكال الرعاية الصحية وتمنى لهم الشفاء العاجل، كما استمع إلى شرح من اللواء طبيب محمد وحيد عبد الحميد، رئيس قسم جراحة الجهاز الهضمي، حيث أوضح له أن حالة المصابين متوسطة، حيث أصيب أحدهم بطلقتين في الفخذ والساق والثاني بطلقة في الكعب والثالث والرابع بكدمات وجروح.