لعبت النقابات المهنية دوراً بارزًا فى ثورة يونيو وما بعدها، وكانت سلالم نقابة الصحفيين شاهدًا على الأحداث المتلاحقة التى مرت على مصر خلال تلك الفترة، ونظمت النقابات احتجاجات متتالية بعد سيطرة جماعة الإخوان على الحكم، بسبب محاولة السيطرة على مفاصل الدولة بما فيها النقابات التى تضم ملايين الأعضاء. واستغلت جماعة الإخوان حالة الفوضى التى أعقبت الثورة، وغياب قانون تنظيمى واضح للنقابات، للتغلغل داخل النقابات، ونظمت حملات انتخابية مكثفة، مستخدمةً مختلف الأساليب، بما فى ذلك شراء الأصوات واستغلال المال السياسي. الوضع داخل هذه النقابات تغير بشكل كلى بعد ثورة 30 يونيو، وكانت أول نقابة تتحرر من سيطرة الجماعة عليها هى نقابة الأطباء، وبعد ما يقرب من 30 عامًا من سيطرة التيار الإسلامى على النقابة العامة للأطباء، وفى أواخر عام 2013 نجح تيار الاستقلال فى اكتساح انتخابات النقابة والحصول على أغلبية المقاعد. نقابة الأطباء سيطرة الجماعة على نقابة الأطباء بدأ منذ عقود طويلة، ولكن مع تغير المشهد السياسى بدأت ملامح التغيير داخل النقابة تظهر جليًا، بدأ التغيير بعد ثورة يناير وتشكيل ائتلافات معارضة للسيطرة التامة للإخوان على مفاصل النقابة، لم تنجح تلك الائتلافات فى تحقيق مساعيها خلال انتخابات التجديد فى 2011، ولكن بعد ثورة يونيو وتحديد فى انتخابات التجديد النصفى فى أواخر 2013 استطاع التيار المدنى إسقاط الجماعة الإرهابية. يقول الدكتور أيمن سالم عضو مجلس النقابة العامة للأطباء، إن ثورة 30 يونيو هى ثورة أقامها الشعب المصرى للتحرر من قيود جماعة الإخوان الإرهابية، بعدما شعر ان جماعة الإخوان هى التى تحكم داخل مجالس النقابات، ويعملون لمصالحهم الشخصية فقط، والتربح من أجل أنفسهم. وأوضح "سالم" فى تصريح خاص ل"البوابة" "كنتُ فى عام 2011 بمجلس النقابة، ولم يكن لدى اى قدرة على التغيير ولا الاعتراض على أى قرار يأخذه مجلس الإخوان، كانت نقابة الأطباء عبارة عن مجموعة من عصابة شيطانية أرادت السيطرة على الدولة المصرية ومؤسساتها الوطنية العريقة والنقابات الطبية. نقابة الصحفيين الأمر لا يختلف كثيرًا داخل نقابتى الصحفيين والمهندسين، بعد ثورة 25 يناير، وسيطرة الجماعة الإرهابية على الحكم، سعت إلى تقييد الحريات داخل نقابة الصحفيين وانتخب ممدوح الولى المحسوب على الجماعة نقيبًا للصحفيين، كما سعت الجماعة وأنصارها إلى تقييد الحريات وتكميم الأفواه، ووصل الأمر إلى استهداف الصحفيين. واجه الولى انتقادات واسعة من أعضاء النقابة بسبب موقفه من دستور 2012، حيث شارك فى التصويت عليه رغم مقاطعة غالبية أعضاء مجلس النقابة والجمعية العمومية، وبعدها حاولت الإرهابية السيطرة على وسائل الإعلام المرئى والمسموع والمكتوب، والانتقادات الحادة للصحفيين، وفى خطاباته المختلفة هاجم الرئيس المخلوع محمد مرسى رموز الصحفيين وأعضاء مجلس النقابة. وكشف الكاتب الصحفى جمال فهمي، وكيل نقابة الصحفيين الأسبق خلال الفترة 2008 حتى 2013، عن سيطرة جماعة الإخوان على نقابة الصحفيين، خلال فترة التسعينيات من القرن الماضي، مروراً بنهاية تواجدهم بعد ثورة 25 يناير 2011، برغم حصولهم فى هذا التوقيت على منصب النقيب. وقال فهمي، فى تصريحات ل"البوابة"، إن جماعة الإخوان استطاعوا أن يكون لهم تواجد كبير وقوى داخل نقابة الصحفيين، خلال فترة التسعينيات من القرن الماضى حتى مطلع الألفية الجديدة، مستغلين تغيب الجمعية العمومية فى الانتخابات على مقاعد مجلس النقابة ومنصب النقيب، فى الحشد والتنظيم الجيد. وتابع وكيل النقابة الأسبق: خلال عام 2011 ل 2012 تحولت نقابة الصحفيين إلى "خيال مآته" وحدث موقف لم يحدث بنقابة الصحفيين منذ إنشائها وهو تعرض ممدوح الولى نقيب الصحفيين إلى الضرب والإهانة من الصحفيين وطرد تماما من مقر النقابة"، ومنذ هذه الواقعة لم يعد له تواجد فى النقابة، ولم تحصل الجماعة على مقاعد أخرى بفضل وعى الصحفيين. "نقابة المهندسين" وفى نقابة المهندسين سيطرت جماعة الإخوان المسلمين بشكل شبه كامل، بدءًا من النقابة العامة إلى النقابات الفرعية فى المحافظات، فى انتخابات نوفمبر 2011، فازت قائمة تجمع «مهندسى مصر» التى ضمت مرشحى جماعة الإخوان، بمنصب النقيب وأعضاء مجلس النقابة بنسبة 100٪. بعد 30 يونيو وفى أواخر 2013، بدأ تيار الاستقلال جمع توقيعات لعقد جمعية عمومية لسحب الثقة من المجلس وقتها، ونجحوا فى عقد الجمعية فى 14 يناير 2014، وكانت ناجحة وسليمة من الناحية القانونية، بعد أن حاربتها الجماعة قضائيًا، حتى تم سحب الثقة فعلاً فى نفس اليوم، وتم تشكيل لجنة لتيسير الاعمال بالنقابة وبعدها إجراء الانتخابات فى أبريل 2014 تحت إشراف القضاء وتم انتخاب المجلس وطرد الإخوان من النقابة. "نقابة المحامين" مع وصول الجماعة لسدة الحكم، حاولت السيطرة على نقابة المحامين، وشهدت النقابة تقديم بلاغات ضد معارضى الجماعة من أجل وقفهم، ولكن بعد 30 يونيو بدأ صوت المحامين المنتمين لجماعة الإخوان فى الاختفاء والتوارى عن الأنظار، وبدأ المنتمون للجماعة فى تشكيل جبهات للدفاع عن الرئيس المعزول والجماعة. وتقول فاطمة عضو مجلس النقابة العامة للمحامين فى تصريحات خاصة: ما قبل ثورة 30 يونيو كانت نقابة المحامين منقسمة إلى قسمين: قسم يمثله التيار القومي، وقسم يمثله تيار "الإخوان"، وكان لدى التيار القومى أجندة عملية للعمل النقابى الحقيقي، وبجانبه جزء يخص المعتقلين، وكان هناك مبلغ مخصص لكل معتقل 500 جنيه من المحامين المعتقلين، مشددة أن النقابة لم ولن ترضخ لسيطرة فصيل بعينه عليها أو توجيه أعضائها. فى ضوء التحديات والمخاطر التى تترتب على وصول جماعة الإخوان للحكم، تبنت العديد من الدول والمنظمات دعم مصر فى مجالات مختلفة.