بعد وفاة محمد مرسى العياط أثناء حضوره لجلسة محاكمته في قضية التخابر، تنشر "البوابة نيوز" تفاصيل 5 قضايا يحاكم فيها المتهم. وقبل وفاته طلب محمد مرسي العياط الكلمة من القاضى وسمح له بذلك وفى أعقاب رفع الجلسة أصيب بنوبة إغماء توفى على إثرها وقد تم نقل الجثمان إلى المستشفى وجار اتخاذ الإجراءات اللازمة. 5 قضايا يحاكم فيها محمد مرسي العياط أحداث الاتحادية قضت محكمة النقض في 22 أكتوبر 2016 برفض الطعن المقدم من 9 متهمين، وهم الرئيس الأسبق محمد مرسي، وأسعد الشيخة، وأحمد عبد العاطي، وأيمن عبد الرؤوف هدهد، وعلاء حمزة، ومحمد البلتاجي، وعصام العريان، وعبد الحكيم إسماعيل، وجمال صابر، في القضية المعروفة إعلاميا ب"أحداث قصر الاتحادية"، على الأحكام الصادرة ضدهم بالسجن المشدد 20 عامًا لسبعة والمشدد 10 سنوات لآخرين، وتأييد الحكم. وذلك لإدانتهم باستعراض القوة والعنف والقبض والاحتجاز المقترن بالتعذيب البدني للمتظاهرين وفض اعتصامهم السلمي أمام قصر الاتحادية الرئاسي يومي 5 و6 ديسمبر 2012. التخابر مع قطر وفي 16 سبتمبر 2017 أيدت محكمة النقض، حكم إعدام 3 متهمين في قضية "التخابر مع قطر"، وأصدرت حكمها بقبول عرض النيابة العامة شكلا وإقرارا، الحكم الصادر بإعدام المحكوم عليهم، "أحمد علي عبده عفيفي، محمد عادل كيلاني، ومحمد إسماعيل ثابت". وقضّت المحكمة أيضا، بقبول طعن المحكوم عليهم شكلا وفي الموضوع، بنقض الحكم المطعون فيه وتصحيحه على النحو التالي: "إلغاء عقوبة السجن 15 سنة المقضي بها على المحكوم محمد مرسي على الجريمتين المسندين إليه بالبندين رابعا وثامنا والاكتفاء بعقوبة السجن المؤبد المقضي بها عليه بالبندق تاسعا من الحكم المطعون فيه، وإلغاء عقوبة السجن 15 سنة المقضي بها على أمين الصيفي عن الجريمتين المسندتين إليه في البندين خامسا وثامنا، والاكتفاء بعقوبة السجن المؤيد عن جريمة المسندة إليه بالبندق تاسعا، وإلغاء عقوبة السجن المشدد لمدة 15 سنة، المقضي بها على المحكوم عليه أحمد عفيفي بالبند عاشرا والاكتفاء بعقوبة الإعدام". إهانة القضاء وقضت محكمة النقض في أكتوبر 2018 بتأييد حبسه 3 سنوات في الإساءة لرجال القضاء والتطاول عليهم. التخابر مع حماس والتي مازالت تنظرها محكمة جنايات القاهرة المنعقدة بمجمع المحاكم بطره محاكمة الرئيس المعزول محمد مرسي و23 آخرين من قيادات جماعة الإخوان في القضية المعروفة إعلاميًا ب "التخابر مع حماس" وإفشاء أسرار الدفاع عن البلاد لدولة أجنبية ومن يعملون لمصلحتها وتم تأجيلها للغد لاستكمال المرافعة. وكانت محكمة النقض فى وقت سابق قد قضت بإلغاء أحكام الإعدام والمؤبد بحق الرئيس المعزول محمد مرسى و21 آخرين وقررت إعادة المحكمة. اقتحام الحدود الشرقية والتي مازالت تنظرها الدائرة 11 إرهاب بمحكمة جنايات القاهرة، المنعقدة بمجمع محاكم طرة، برئاسة المستشار محمد شيرين فهمى تأجيل إعادة محاكمة المعزول محمد مرسى و28 آخرين فى القضية المعروفة إعلاميًا ب"اقتحام الحدود الشرقية" وتأتى إعادة محاكمة المتهمين، بعدما ألغت محكمة النقض الأحكام الصادرة من محكمة الجنايات، برئاسة المستشار شعبان الشامى ب"إعدام كل من محمد مرسى ومحمد بديع المرشد العام لجماعة الإخوان الإرهابية، ونائبه رشاد البيومي، ومحيى حامد عضو مكتب الإرشاد ومحمد سعد الكتاتنى رئيس مجلس الشعب المنحل والقيادى الإخواني عصام العريان، ومعاقبة 20 متهمًا آخرين بالسجن المؤبد"، وقررت إعادة محاكمتهم. كان الشهيد المستشار هشام بركات النائب العام قد أمر بإحالة المتهمين للمحاكمة الجنائية بعد أن كشفت تحقيقات المستشار حسن سمير قاضي المنتدب للتحقيق في تلك القضية قيامهم المتهمين خلال الفترة من عام 2010 حتى أوائل فبراير 2011 بمحافظات شمال سيناءوالقاهرة والقليوبية والمنوفية المتهمون من الأول حتى السادس والسبعين، مجهولون من حركة حماس وحزب الله يزيد عددهم عن 800 شخص وبعض الجهاديين التكفيريين من بدو سيناء عمدا أفعالا تؤدي للمساس باستقلال البلاد وسلامة أراضيها تزامنا مع اندلاع تظاهرات 25 يناير 2011 بأن أطلقوا قذائف أر بي جي وأعيرة نارية كثيفة في جميع المناطق الحدودية من الجهة الشرقية مع قطاع غزة وفجروا الأكمنة الحدودية وأحد خطوط الغاز وتسلل حينذاك عبر الأنفاق غير الشرعية المتهمون من الأول حتى المتهم 71 وآخرون مجهولون إلى داخل الأراضي المصرية على هيئة مجموعات مستقلين سيارات دفع رباعي مدججة بأسلحة نارية ثقيلة أر بي جي، وجرينوف، وبنادق آلية، وتمكنوا من السيطرة على الشريط الحدودي بطول 60 كيلومترا، وخطفوا 3 من ضباط الشرطة وأحد أمنائها ودمروا المنشآت الحكومية والأمنية.
