قال المفكر القبطي كمال زاخر إن قانون "بناء الكنائس" أخذ 14 جولة ما بين الكنيسة والحكومة في سرية تامة، فبعض نواب البرلمان طالبوا بصورة من مشروع القانون، لكن طلبهم قُوبل بالرفض، الأمر الذي خلق حالة من القلق بشأن القانون. وتساءل زاخر: هل نحن بحاجة إلى إصدار قانون لبناء دور العبادة؟ مؤكدا أن هناك ضرورة للقانون ليس لدور العبادة ولكن للكنائس. وأشار زاخر في تصريحات صحفية، إلى أن اشكالية بناء الكنائس تكمن في النظر إلى الاقباط وقضاياهم على ارضية دينية باعتبارهم "الاخر"، بالرغم من المحاولات العديدة التي سعت للانتقال من دولة الملل والطوائف والتي تكرست عبر حكم المماليك والعثمانيين، إلى الدولة المدنية، لافتا إلى أنه على مدى قرنيين كانت النوايا حاضرة؛ لكن الإدارات السياسية لم تكن على نفس القدر من الحضور. وأكد أن الاشكالية لن تحل إلا بالجوء إلى خيار الدولة المدنية، والتي تقوم على سيادة القانون وعلي التعدد والتنوع، مشيرا إلى أن مصر وقعت على عدد من المواثيق الدولية والتي نصت على أن العبادة وإعلانها حق، وإلزام الدولة بالمحافظة على هذا الحق. وأعرب عن تخوفه من أن ينتهي الأمر بقانون بناء الكانئس إلى تدوير قرارات "العزبي باشا" بنسخة معاصرة يحصنها القانون. وأرجع "زاخر" أزمة بناء الكنائس إلى القيود التي فرضها "الخط الهمايوني" الذي أقره الوالي العثماني أثناء حكمه لمصر ومازال معمول بها حتى اليوم، مستنكرا " بالرغم من انتهاء الاحتلال العثماني ومازالت قوانينهم تطبق على المواطنين الاقباط". وأكد أن البرلمان أمام امتحان حقيقي يكشف مدى قدرته على التأسيس لدولة مدنية، مطالبا البرلمان بدراسة تقرير لجنة العطيفي الصادر عن البرلمان عام 1972 بقدر أكبر من التدقيق، لأن ملاحظاته مازالت قائمة، ومازالت الأسباب التي أوردها كما هي تنتظر من يفككها ويجد حلًا لها.