رغم أن الأقباط لم يكونوا وحدهم هم الذين عانوا خلال فترة حكم الإخوان بل الشعب بأكمله، فإنهم كانوا الأكثر تعرضا لظلم الإخوان، فقد تعرضوا للتهجير والقتل والاعتداءات على الكنائس وحرقها، حيث دفع الأقباط ثمن معارضتهم لحكم الإخوان من خلال العديد من الجرائم في حقهم، أبرزها قتل قبطى وتهجير أسر قبطية من قرية دهشور وقتل ثلاثة أقباط في هجوم بالخرطوش والأسلحة النارية والمولوتوف على جنازة ضحايا الخصوص، وتعرض الكاتدرائية في العباسية لإلقاء قنابل الغاز المسيل للدموع وغيرها من الوقائع. كل هذه الأمور دفعت المصريين بكل فئاتهم إلى النزول في 30 يونيو للإطاحة بالإخوان ورئيسهم المعزول مرسي، وكان البابا تواضروس، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية أحد الحاضرين في اجتماع القوى الوطنية في 3 يوليو قبل بيان عزل مرسي. وقال البابا تواضروس، قبل ساعات من ثورة 30 يونيو، إن الكنيسة لا تملك سلطة المنع أو الدفع لا تمنع الشباب من أن يخرجوا ولا تدفع الشباب ليخرجوا وحتى إذا ما منعناهم وهذا من باب المستحيل فإن غيرتهم ووطنيتهم لن تمنعاهم من الخروج والمشاركة في 30 يونيو. وقال البابا، إنه قبل 30 يونيو الماضي: «كانت هناك حالة من الغليان الشديدة في الشارع المصري، وكنا نشعر بها جميعًا، وأعطى الجيش مهلة زمنية للنظام السابق، بدأت بأسبوع ثم 48 ساعة، وبعدها كان يجب اتخاذ قرار، ولذلك اجتمعت بنا قيادة الجيش وكانت معنا قيادات شبابية وشخصيات عامة، إضافة إلى شيخ الأزهر للتشاور حول ما يجب فعله، بعد أن ساء الأمر وزاد الغليان والاحتقان في ظل رفض نظام الرئيس المعزول محمد مرسي لأى استجابة». وأضاف البابا قائلًا: «جلسنا نتشاور قبل إذاعة البيان لمدة خمس ساعات كاملة، وكانت مناقشة ديمقراطية، واستمعنا لآراء بعضنا البعض، وبعد الاستقرار على ما سنفعله بدأنا في صياغة «بيان»، وتمت مراجعته عدة مرات للاستقرار على الصيغة النهائية، وبعد المراجعة قام فضيلة الإمام الأكبر شيخ الأزهر بمراجعة البيان لغويًا، واتفقنا على أن يلقى المشير السيسى البيان، وبعد ذلك طُلب من كل منا أن يُلقى كلمة». وشدد البابا تواضروس على أن مشاركة الكنيسة في 3 يوليو كانت مشاركة وطنية، وليست سياسية، لأنها كانت لصالح مصر، مؤكدًا أن الأقباط شعروا ببعض الخوف في ظل وجود نظام الإخوان القائم وقتها، ولكنه بطبيعته «متفائل دائمًا»، ولذلك تم تجاوز مرحلة القلق سريعًا، معتبرًا أن ما فعله يوم الثالث من يوليو كان وسيلة تعبير، فالمواطن العادى يستطيع أن يشارك بالتظاهرات ويرفع علم مصر، أما هو كرمز دينى فلا يستطيع أن يفعل ذلك، ولكنه يستطيع أن يشارك بتلك المشاورات في ذلك اليوم. وعقب ثورة 30 يونيو، قال البابا تواضروس، «إن البلد كانت في حالة غليان، وكلما كنا نقترب من يوم 30 يونيو يوم التمرد على الرئيس السابق كانت درجة الغليان تزداد، كنت أتابع الموقف وأرى فيه حالة صحوة فريدة في تاريخ مصر، وكنت أقرأ النتائج في حيوية الوطن وغليانه، فالشعوب لا تنام على ظلم ولا تصمت على ذل مهما طال الزمن، ولكنها تحلم وتتحدى وتتمرد حتى تحقق ما تصبو إليه»، مشيرًا إلى أن الأسابيع التي تلت 30 يونيو، لم تكن بذات الفرحة التي شهدتها مصر، بعد ساعات من إعلان خارطة الطريق، وكان الأقباط الفصيل الأكثر تأثرا بانتقام الإخوان. وفى هذا السياق، تجنبت قيادات الكنائس المصرية اتخاذ موقف صريح تجاه مظاهرات 30 يونيو الجاري، سواء بالمشاركة أو الرفض، مؤكدة من خلال رئيس الطائفة الإنجيلية أن مشاركة الأقباط «حرية شخصية». ومن جانبه، قال رئيس الطائفة الإنجيلية، صفوت البياضي، إن قيادات الكنسية اتفقت على أن قرار المشاركة يخص الأقباط الذين يتمتعون بنضج سياسي باعتبارها حرية شخصية، وعلى عكس هذا المسار كانت الحركات القبطية «اتحاد شباب ماسبيرو»، «أقباط بلا قيود»، «أقباط من أجل مصر»، قد أعلنت عبر وسائل الإعلام مشاركتها بقوة في تظاهرات 30 يونيو الهادفة إلى إسقاط محمد مرسي والمطالبة بإجراء انتخابات رئاسية مبكرة، وأضاف البياضى أن «الكنيسة لن تفرض على الأقباط موقفًا بعينه سواء بحشدهم للمشاركة أو رفض نزولهم». وقال أندريا زكي، رئيس الكنيسة الإنجيلية، ومدير عام الهيئة القبطية الإنجيلية للخدمات الاجتماعية، إن أقباط مصر شاركوا في ثورة 30 يونيو بقوة، لأنهم شأن بقية المصريين شعروا بالتهميش والاستبعاد السياسي، وأهم المتحولات أنه في وقت حرق الكنائس رفض الأقباط التدخل الخارجى في الوقت الذي طالب فيه قيادات الإخوان بالتدخل الخارجي، وهو الموقف التاريخى لقداسة البابا تواضروس «وطن بلا كنائس أفضل من كنائس بلا وطن»، وجميع القيادات سواء إنجيلية أو كاثوليكية كان لها نفس الموقف، وهذا شعر به المواطن العادي. وتابع: «القيادة السياسية لها موقف إيجابى لكن الأخطر هو المواطن العادى الذي شعر أن المصرى القبطى شريك له في هذا الوطن، هذا تغير عند العامة ولا يشترى بملايين الدنيا، ما حدث جعل المصريين يكتشفون بعضهم وحبهم لبلدهم وهذا خلق وعيا جديدا للعامة.
