كشف تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات علي نتائج أعمال "الملاحة الوطنية" النصف سنوية المجمعة لعام 2008 عن عدد من الملاحظات المهمة. تمثلت ملاحظات المركزي: أظهرت الميزانية المجمعة شهرة 58.898 مليون دولار أمريكي تمثل الزيادة في تكلفة اقتناء الشركة لحصتها في الاستثمارات في الشركات التابعة عن القيمة الدفترية لصافي أصول تلك الشركات في تاريخ الاقتناء، وقد أظهرت الدراسة المبدئية لتقييم استثمارات الشركة في 30 سبتمبر 2008 بكل من الشركة المصرية للملاحة البحرية والشركة المصرية لأعمال النقل البحري "مارترانس" والتي تمت بمعرفة أحد المكاتب الاستشارية المستقلة عن وجود مؤشرات بانخفاض قيمة الشهرة، إلا أنه حتي تاريخ التقرير لم نواف بالدراسة النهائية المعتمدة لتقييم تلك الاستثمارات، مما لم نتمكن معه من تحديد الاثر النهائي لهذا التقييم. أضاف أن بند الدائنون والحسابات الدائنة الأخري تضمن 9.220 مليون دولار أمريكي مستحق للشركة القابضة للنقل البحري والبري يتعلق بمعاملات مالية وتوزيعات أرباح بين الشركة المصرية للملاحة البحرية "شركة تابعة" والشركة القابضة للنقل البحري والبري، وهناك خلاف قائم حاليا حول الرصيد الدائن المستحق للشركة القابضة وقد قررت الجمعية العامة العادية للشركة المصرية للملاحة البحرية بتاريخ 13 مارس 2008 تشكيل لجنة لفحص حساب الشركة القابضة للنقل البحري ولم تنته اللجنة من أعمالها حتي تاريخه مما ترتب عليه عدم التأكد من صحة الرصيد الدائن المستحق للشركة القابضة للنقل البحري في تاريخ الميزانية المجمعة. ذكر التقرير تضمن بند المدينون والحسابات المدينة الأخري 2.053 مليون دولار أمريكي مستحق علي الشركة العربية للشحن والتفريغ مرحل من أعوام سابقة ويتمثل هذا الرصيد في قيمة المدفوعات من الشركة القابضة للنقل البحري والبري للشركة العربية للشحن والتفريغ من تحت حساب عمليات الشحن والتفريغ التي سوف تؤدي للشركة المصرية للملاحة البحرية ولم توافنا الشركة المصرية للملاحة البحرية بالأدلة الكافية لامكانية تحصيل ذلك الرصيد أو تسويته كما لم تقم بتكوين أي مخصص لمقابلة احتمال عدم تحصيله. أكد التقرير علي أنه مع عدم اعتبار ذلك تحفظا بلغت مطالبات البضائع والحوادث لدي هيئات الحماية والتعويض المحلية غير المثبتة بدفاتر الشركة المصرية للملاحة البحرية "شركة تابعة" مبلغ 4.58 مليون دولار أمريكي مكون عنها مخصص بمبلغ 94 ألف دولار أمريكي بالاضافة للمبالغ المجنبة بالأرصدة الدائنة نتيجة اتفاقية نادي الحماية الأمريكي والبالغة 469 ألف دولار أمريكي، وتري إدارة الشركة المصرية للملاحة البحرية "شركة تابعة" ومستشارها القانون يكفاية ذلك المخصص في ظل شروط الاتفاقيات المبرمة مع هيئات الحماية والتعويضات وشروط التحمل الوارد بها.
