بداية الألفية الجديدة شهدت تعرض الجهاز المصرفي لأزمات شديدة من تراكم مشاكل سابقة وظروف اقتصادية حالية نتج عنها عجز النظام المصرفي عن الوفاء باحتياجات التنمية الاقتصادية، فضلا عن هروب عدد كبير من رجال الأعمال للخارج بقروض البنوك بالتوازي مع أزمة التعثر برزت سلبيات كثيرة كظاهرة الدولرة وانخفاض الكفاءة الإدارية وانتشار الفساد في عدد من البنوك وكبر المخصصات، وانخفاض الربحية وتدني وضع البنوك المصرية عربيا وعالميا. لهذا كان الحل إعادة هيكلة القطاع من جديد مع التركيز علي أربعة محاور أساسية تمثل في الاندماجات والخصخصة في القطاع المصرفي، وإعادة هيكلة البنوك ماليا وإداريا، وحل مشكلة الديون المتعثرة المرتبطة بالنظام المصرفي، وتطوير قطاع الرقابة والإشراف في البنك المركزي. بدأت مسيرة الإصلاح مع صدور قانون البنوك والبنك المركزي الموحد 88 لسنة 2003 الذي يمثل البداية الحقيقية لإعادة بناء البنوك المصرية إداريا وماليا وحل القانون محل خمسة قوانين مختلفة. اشترط القانون علي جميع البنوك العاملة في مصر بالوفاء بحد أدني لرأس المال لا يقل عن 500 مليون جنيه للبنوك المصرية و50 مليون دولار لفروع البنوك الأجنبية العاملة وبشكل عام نجد عددا قليلا من البنوك القائمة انطبقت عليها هذه الشروط، أما البنوك الأخري كان لديها عدة خيارات إما زيادة رأسمال البنك من خلال المساهمين القدامي أو طرح عام في البورصة أو طرح خاص أو الإندماج مع بنك آخر ليفي رأسمال البنكين بعد الإندماج بالمتطلبات التي حددها القانون في حالة العجز يتم تصفية البنك أو دمج البنك قسريا في بنك آخر وفقا لما يري البنك المركزي أنه يحقق المصلحة، مما كان سببا لعمليات الدمج والاستحواذ الكثيرة التي شهدتها السنوات الثلاث السابقة. أوضح الباحث أحمد الهنداوي في بحثه حول إعادة هيكلة القطاع المصرفي أن إعادة الهيكلة دفعت الحكومة إلي طرح بنك فقط من البنوك التجارية العامة الأربعة للبيع وهو بنك الإسكندرية الذي اشتري 80% منه بنك سان باولو الإيطالي، وكانت الخطوة الأهم الإعلان عن دمج بنك القاهرة ثالث أكبر البنوك التجارية العامة في بنك مصر ثاني أكبر البنوك العامة في سبتمبر 2005 فيما يتعلق بمشكلة التعثر تم إنشاء شركة استعلام بنكي برأسمال 30 مليون جنيه وبمشاركة 27 بنكا كما شجع قانون البنوك الجديد والسياسات الجديدة التي انتهجها البنك المركزي والقائمة علي الحلول الودية وعدم اللجوء للحل القضائي إلي تسوية جانب كبير من مديونية المتعثرين للبنوك. ركز القانون علي ضرورة تقوية الدور الذي يلعبه البنك المركزي في الإشراف والرقابة علي القطاع المصرفي في إطار برنامج يهدف إلي رفع كفاءة من خلال الاستفادة بالتجارب الدولية وتنمية ورفع كفاءة الكوادر البشرية واستقطاب الخبرات اللازمة والإرتقاء بمستوي نظم المعلومات لتوفير بيانات دقيقة وسليمة. في مارس 2003 تشكل الجهاز المصرفي المصري من 62 بنكا إلا أن هذا العدد انخفض بشكل كبير بسبب عمليات الدمج والإستحواذ في الجهاز المصرفي إلي أن وصل إلي 43 بنكا نهاية 2006 ومن المخطط وفقا لسياسة البنك المركزي أن يتناقص إلي 37 بنهاية العام الحالي فيما يتعلق بسيطرة البنوك الأجنبية علي جانب كبير من السوق المصرفي توصل البحث أن وجود البنوك الأجنبية في السوق المصرفي يساهم في رفع مستوي المنافسة وبالتالي بالخدمة المقدمة وإدخال منتجات جديدة كما يشجع علي زيادة الاستثمارات الأجنبية المباشرة لمصر ويمثل تواجد هذه البنوك مصدرا للثقة لدي المستثمرين الأجانب، كما أن تواجدها أمر حتمي لنقل الإستثمارات للداخل وتحويل الأرباح للخارج لغياب التواجد المصرفي المصري خارج مصر كما يساهم وجود شركاء أجانب للبنوك المصرية ذات ملاءة مالية وسمعة طيبة في دعم الهيكل المالي للبنك المصري وتقليل حدة المخاطر ورفع كفاءته، مثلا بنك سان باولو الذي يمتلك 80% من بنك الإسكندرية يعتبر أكبر بنك في إيطاليا والثالث أوروبيا لكن علي الجانب الآخر تجعل النظام المصرفي المصري أكثر تعرضا للهزات والمشاكل الاقتصادية التي تحدث في الدول الأجنبية. في النهاية نادي الباحث بضرورة التوسع في انشاء فروع للبنوك للمعاملات الإسلامية وأن البنوك الإسلامية حققت نجاحات كبيرة في عدد كبير من الدول العربية كما نادي بإنشاء لجنة بالبنك المركزي المهمة الأولي والوحيدة لها مراقبة تصرفات البنوك الأجنبية في الداخل والخارج والأرباح المحولة للخارج لتقليل مدي تأثر مصر بالأحداث الأقتصادية الخارجية، مع وضع سقف معين للأرباح المحولة للخارج.
