رصدت مراكز حقوق الإنسان بعض التجاوزات التي حدثت يوم الاستفتاء ومنها «المركز المصري للحقوق الاقتصادية والاجتماعية، الجمعية المصرية لحقوق الإنسان، المركز المصري لحقوق الإنسان، الشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان». ورصد «حافظ أبوسعدة» رئيس الجمعية المصرية لحقوق الإنسان عدة افتراقات تؤدي من وجهة نظره إلي بطلان الاستفتاء، وقال «سعدة» إن الاستفتاء شرعيته غير صحيحة لعدم وجود كشوف انتخاب جديدة، بالإضافة لندرة الحبر الفسفوري . ويتفق معه «خالد علي» مدير «المركز المصري للحقوق الاقتصادية والاجتماعية علي أن هناك جوانب إيجابية وجوانب سلبية، وكان من الإيجابيات وجود الإشراف القضائي الكامل علي عملية الاستفتاء ومشاركة المرأة بشكل كبير، أما السلبيات فتمثلت في ارتباط التصويت سواء بنعم أو ب «لا» بالطائفية . ويري «محمود عبدالفتاح» محامي وناشط حقوقي أن تجربة الاستفتاء أثبتت أن القوة المنظمة للثورة لم تكن منظمة، وأضاف أن هذا الإقبال المنظم والجهد الذي بذل من جانب الأفراد، رغم وجود حرب توجيه من جانب السلفيين بالإجابة ب «نعم» وعلي الجانب الآخر الكنيسة تنادي بالإجابة ب «لا» مما أنشأ صراع بين الطائفتين، وكان لابد من توعية المواطنين بموضوعية وحيادية بغض النظر عن الإجابة ب«نعم» أو ب«لا». ويشير «هاني الجزيري» رئيس مركز المليون لحقوق الإنسان، إلي التأثير علي الناخبين في مجمع مدارس «الخصوص» بعين شمس ومجمع «سوزان مبارك» وإعاقة دخولهم، وفي عزبة النخل مدرسة «محمود شكري» كان هناك تعطيل مقصود وأغلقت اللجنة الساعة ال 5 مساء من جانب الإخوان المسلمين، وفي «صقر قريش» وفي «الكشح» بسوهاج كان هناك احتكاكات بين المسلمين والمسيحيين.
