أثار استفتاء السودان مخاوف بين خبراء السياسة والمياه بأن يكون ظهور دولة الجنوب مهددا لاتفاقيات دول حوض النيل خاصة بعدما أعلن عن أنه سيكون غير ممثل في الاجتماع الاستثنائي لوزراء الري لدول الحوض المقرر انعقاده في الخامس والعشرين من الشهر الجاري في العاصمة الكينية نيروبي لبحث التداعيات القانونية والمؤسسية المترتبة علي التوقيع المنفرد لخمس من دول الحوض علي الاتفاقية الإطارية، جاء ذلك رغم أنه في حالة انفصال الجنوب سيكون له الحق في التقدم للانضمام لمبادرة حوض النيل وهل سيؤثر علي حصتها رغم وجود قانون دولي لا يخضع لرغبات دولة بعينها؟ ومع ذلك فإن مجرد ظهور دولة جديدة سوف يخلط أوراق ملف الحوض من جديد ويزيد من تعقيدها من الناحية السياسية علي الأقل خاصة إذا ثبت أن الدولة المنفصلة تأخذ نفس اتجاه دول المنابع التي وقعت علي المبادرة بشكل منفرد. في حين يري البعض الآخر من الخبراء أن ظهور هذا الجنوب لن يهدد اتفاقيات الحوض قانونيا علي الأقل إعمالا لمبدأ التوارث الدولي للاتفاقيات أي أن هذا الجنوب ملزم قانونيا بما تلتزم به دولة السودان. فيما أوضح دكتور «أحمد فوزي دياب» خبير مصادر المياه بالأمم المتحدة أن الموقف غير مقلق لمصر بهذه الصورة خاصة أن دولة السودان مجمدة موقفها أصلا في هذا الشأن منذ البداية.. وأضاف «فوزي» أنه في حالة توصل المباحثات المصرية السودانية لاتفاق من تنسيق الجهود حول هذا الاجتماع في محاولة لاتخاذ قرار موحد سوف يؤثر إيجابيا علي موقف مصر ويرفع القوي التفاوضية لها.. وأشار إلي أن تحسن العلاقات الدبلوماسية بين مصر وبعض دول الحوض مؤخرا يعطي مؤشرا لأن الاتجاه سوف يسير في التعاون لمصلحة مصر وأن كان ذلك لا يمنع أن طبيعة التفاوض التي تصب في أن كل طرف سيحاول تحقيق أكبر قدر من مكاسبه الخاصة وهو الاتجاه الذي سيغلب في التفاوض بين دول الحوض وإن كان لا سبيل إلا الاتفاق والرضوخ للأمر الواقع تحسبا إلا أنه في حالة التعنت والرفض سوف يتم وقف التمويل المادي الدولي للدولة المعارضة.