رفض سياسيون وعلماء دين مشروع القانون الذي تقدم به نائب حزب النور السلفي علي قطامش والذي يتضمن في مادته الثانية حذف عبارة "الأزهر المرجع النهائي في القضايا الدينية". وقالوا إن الأزهر كان ومازال علي مدار مئات السنين مرجعية دينية للعالم الإسلامي كله فكيف نرفضه في مصر. كان الأزهر الشريف قد رفض مشروع القانون واعتبره تحجيماً لدور الأزهر المعروف علي مدار السنين. يأتي هذا فيما اعتبر آخرون أن مشروع القانون يأتي رداً علي موقف الأزهر من تأسيسية الدستور وانسحابه من اللجنة التأسيسية. يقول الشيخ علي قطامش مقدم القانون: أنا خريج أزهري وكنت أحلم كأزهري أن أعيد له مكانته العملية والروحية في مصر والتشريع وسيلة لتحقيق الهدف والأزهر لن تتحقق له عالميته إلا بفصله عن الدولة لأن مقام شيخ الأزهر الروحي أعلي من رئيس الجمهورية. أضاف يجب أن يفتح الباب لانتخاب شيخ الأزهر من كل المراجع العلمية في كل نحاء العالم. وإذا اكتفينا بجعل الأزهر المرجعية الدينية الأخيرة فإن هذا كفيل بخلق مشكلات مع مرجعيات أخري. كما أن هذا كفيل بسحب صفة العالمية من الأزهر. يقول الدكتور صديق عفيفي رئيس حكومة الوفد الموازية وعضو الهيئة العليا للحزب مشروع القانون مرفوض تماماً ولا يمكن بحال من الأحوال أن نجرد الأزهر من كونه المرجعية الإسلامية الوحيدة في مصر. أضاف إذا رفضنا أن يكون الأزهر هو المرجعية الدينية فهذا معناه أننا سندخل في نزاع حول المرجعية هل ستكون مرجعية الإخوان أو السلفيين وأي فريق من السلفيين. أن الإبقاء علي مرجعية الأزهر هي ضمان للاستقرار والهدوء في هذا الجانب. وإلا فإننا سندخل في صراع كبير ولن ينتهي حيث إن اختلاف الأيديولوجيات من شأنه عدم الاتفاق علي أي طرح إما الإبقاء علي مرجعية الأزهر الدينية فهي تعني الاستقرار لأن مرجعية الأزهر مرجعية مستقرة ومتوافق عليها ويمثل تياراً وسطياً معتدلاً يلقي قبولاً عند قطاع عريض من الشعب المصري بل في العالم الإسلامي كله. يقول الدكتور عبدالله الأشعل المرشح لرئاسة الجمهورية: إن المطالبة بإلغاء مرجعية الأزهر الشريف الدينية من شأنه أن يقود البلاد إلي خطر كبير ويجرنا إلي مشكلات لا حدود لها ونحن في غني عنها خاصة في هذه الطروف. أضاف أري أن إثارة هذه القضية في هذا التوقيت لا داعي لها أبداً فنحن مقبلون علي انتخابات رئاسية وظروف البلاد لا تسمح بهذا الأمر حالياً. ويري الدكتور محمد نبيل غنايم أستاذ الشريعة الإسلامية بجامعة القاهرة أن إثارة مثل هذه المسائل لا داعي لها إطلاقاً فالأزهر عامر بعلمائه الأكفاء المعتدلين وهو أجدر وأولي بأن يكون المرجعية الدينية للأمة وهذا ليس انتقاصاً من أي فصيل آخر ولكن هذا ما عهدناه بالأزهر علي مر العصور أن يكون مرجعية الأمة. يقول الدكتور عادل عبدالشكور المتحدث الرسمي باسم حزب الحرية والتنمية: نحن مع تطوير الأزهر ونطالب برحيل قياداته الحالية وأن يتم تعديل قوانين الأزهر ولكننا في الوقت نفسه ضد إلغاء مرجعية الأزهر الدينية وألا سنجد أنفسنا في بحر متلاطم من المرجعيات التي تريد جر المجتمع ككل إلي مرجعيته وهذه ستكون المشكلة الحقيقية.