رفض القيادي الجهادي محمد الظواهري، ما تردده وسائل الإعلام من أنه ينتمي إلى مجموعة "السلفية الجهادية" قائلا: "نحن مسلمون عاديون والإعلام هو من اسمانا هكذا "مشيرا إلى أنهم يدعون للعقيدة الصحيحة، ووجوب طاعة أي شخص يحكم بالشريعة الإسلامية". وأكد الظواهري لبرنامج "ممكن" على فضائية "سي بي سي"، أنه ليس عضوا بتنظيم القاعدة، ولكنه يتفق معها في عقيدة الجهاد، ويختلف معها في تطبيقها". وقال الظواهري: "نحن مع صحيح الإسلام، ونطلب من الناس أن تجلس معنا وتحاورنا، وإذا وجدوا أننا على خطأ لا يخرجون معنا". وأضاف "نحن دائما متهمون بالتطرف وتلاحقنا الاتهامات، فأنا مهندس ودرست على يد كبار العلماء خاصة في السعودية خلال فترة وجودي وتلقينا العلم من مصادره وخروجنا لقتال إسرائيل واليهود واجب شرعي وكان يجب على الحكومة أن تحاربهم فإذا قام شخص آخر وتصور أنه يستطيع أن يقاتل، لا نكفره فالأصل أن نطبق الشريعة ومن الممكن أن يكون فيه خلاف مقبول ، لكن لماذا نتحمل نتيجة شخص اجتهد وقرر مقاتلة إسرائيل؟" . ورفض الظواهري الاعتراف بالانتخابات الرئاسية أو الرئيس مرسي لأنه لا يطبق الشرع، ولا من كان قبله، رافضا في الوقت نفسه أن يلقبه بولي الأمر قائلا: "ولي الأمر وصف شرعي ، ومرسي رئيس مصر وليس ولي أمر المسلمين، ونرفض كل ما يخالف الشرع، الانتخابات تخالف الشرع ، والقضاء الوضعي ، والديمقراطية تخالف الشرع، ولا اعترف بنتائج الانتخابات ولا بالرئيس الحالي ولا السابق، ولكن اعترف بالشرع فقط ومن يثبت غير ذلك يأتيني بدليل". وأضاف الظواهري "من لا يطبق الشريعة لا اعترف به، والرئيس مرسي لديه فرصة لتطبيقها، فاذا فعل ذلك على عيني وراسي ، واذا لم يفعل فسوف آمره بالمعروف وأنهاه عن المنكر بالطرق السلمية، والاعتصامات ". وطالب الظواهري بضرورة الإفراج عن المعتقلين مثل "عادل عوض وأحمد سلامة ووائل عبد الرحمن" وغيرهم ممن قبض عليهم دون جرائم وتعرضوا للاختطاف والتعذيب، في جرائم ثلاث "العائدون من ألبانيا، والأزهر، والزيتون". وقال الظواهري "مش طالبين عفو طالبين رفع الظلم، ونحن نتعرض لحملة شرسة من الاعتقالات" متسائلا: "كيف يبقى ضباط أمن الدولة في مناصبهم حتى الآن؟". واقترح الظواهري عقد هدنة لمدة عشر سنوات بين الغرب وأمريكا وبين المسلمين لعدم تكرار 11 سبتمبر مرة أخرى، وهي أن تتوقف الولاياتالمتحدة والغرب عن التدخل في أراضي المسلمين، وأن تتوقف الولاياتالمتحدة عن التدخل في شؤون تعليم المسلمين، وأن تنهي الولاياتالمتحدة الحرب على الإسلام ، وأن تطلق الولاياتالمتحدة سراح كافة المسجونين الإسلاميين، مؤكدا أنه وسيط ولا يمثل أي طرف، ومتوقعا أن "يقبل أي إسلامي هذا الطرح لأنه منضبط" حسب وصفه.
