أثار القرار المفاجئ للدكتور محمد مرسى -رئيس الجمهورية- بالإطاحة برؤوس المجلس الأعلى للقوات المسلحة، العديد من التساؤلات والمخاوف أيضاً، ومن بين مئات التساؤلات التى بدأت تتردد بقوة خلال الساعات الماضية هو: هل تتم «أخونة» الجيش المصرى؟.. وهل سنرى ضباطاً وقيادات بالجيش ينتمون لجماعة الإخوان المسلمين ويعلنون ذلك؟ علماً بأن قواعد «العسكرية» المصرية قائمة أساساً على الانصهار السياسى والفكرى وأن الانتماءات الدينية أو السياسية لا وجود لها فى القوات المسلحة. خبراء يرون أن أخونة الجيش قادمة لا محالة، خاصة بعد أن اختار الرئيس مرسى قيادات الجيش التى ستعمل معه، كما أنه أحد رموز جماعة الإخوان المسلمين وبالتالى يستطيع تعديل القواعد العسكرية واللوائح بما يتوافق مع رؤيته. وأكد مصدر قيادى مسئول بوزارة الدفاع أن قواعد العمل فى القوات المسلحة والمبادئ واللوائح والقوانين الخاصة بها لم تتغير مع تولى الدكتور محمد مرسى رئاسة الجمهورية، مشيراً إلى أن أهم هذه اللوائح والقوانين التى تعتبر من أساسيات العسكرية المصرية هو حظر العمل بالسياسة أو الانتماء لأى تيار، ما دام الضابط أو الجندى لا يزال بالخدمة، ولو تم اكتشاف ذلك يتم التعامل معه بشكل قانونى وإحالته للجنة تأديبية. وقال المصدر إن هذا المبدأ فى العسكرية المصرية هو لضمان الوحدة بين الصفوف وعدم خلق أى خلافات حزبية أو فكرية من شأنها أن تشعل حرباً داخلية بين صفوف القوات المسلحة. وأضاف: تغيير مثل هذه القواعد واللوائح يتم بقرار من المجلس الأعلى للقوات المسلحة، مضيفاً أنه من المستحيل ولن يجرؤ أى وزير للدفاع أو رئيس للجمهورية على السماح بخلق انتماءات حزبية أو سياسية وعلى رأسهم المنتمون لجماعة الإخوان المسلمين فى الجيش المصرى لأن هذا من شأنه دمار المؤسسة العسكرية وستأكل نفسها بنفسها وسنجد الحروب الأهلية فى كل مكان وانشقاقات فى الجيش لن تنتهى، فكل مجموعة تنتمى لفكر معين قد تقوم بتكون جيش مستقل بها داخل الجيش الأكبر، كما أن عملية إطاعة الأوامر ستكون متفاوتة فبينما يرضى صاحب تيار معين تنفيذ أمر معين يرفضه صاحب تيار آخر، وهو ما يخلق جيشاً عاجزاً عن الحرب. وعلى صعيد آخر يرى اللواء مدحت عزب -الخبير العسكرى والاستراتيجى- أن «أخونة» القوات المسلحة قادمة لا محالة وأن الفترة القادمة هى فترة المفاجآت، فكما اتخذ رئيس الجمهورية قراراً غير متوقع بإحالة رموز المجلس الأعلى للعسكرى للتقاعد، نتوقع منه أى شىء خلال الفترة المقبلة. وأضاف عزب أن رئيس الجمهورية نفسه رمز من رموز جماعة الإخوان المسلمين وبالتالى فظهور عناصر إخوانية بالجيش أمر وارد ولن يكون بشكل خفى، وهو ما يترتب عليه تفكيك الجيش المصرى وتحويله إلى فرق على أساس الانتماء الحزبى وليس على الأساس الوطنى. ويوافقه فى الرأى اللواء نبيل أبوالنجا -الخبير العسكرى- حيث أوضح أن ظهور جماعة الإخوان المسلمين فى القوات المسلحة سوف يكون أمراً واقعاً وأنه من المحتمل تغيير المبادئ الخاصة بالكليات العسكرية ويتم استثناء الشباب المنتمين لهذه الجماعة فى القبول بعدما كان محرماً دخول أى شخص ينتمى لتيار دينى وخاصة جماعة الإخوان للالتحاق بالكليات العسكرية أو حتى التجنيد. وأضاف أبوالنجا أن مرسى سوف تكون له السلطة الأقوى داخل القوات المسلحة خلال الفترة المقبلة، خاصة بعدما قام بالإطاحة بطنطاوى وعنان واختار بنفسه القيادات التى ستعمل معه، وبالتالى فمن حقه ومن حق تشكيل المجلس العسكرى الجديد تعديل لوائح القوات المسلحة كما يشاؤون.