يشهد المجرى الملاحي لقناة السويس، تواجد أمني مكثف، حيث تنتشر عناصر الجيش على طول المجرى، من نقطة المدخل الجنوبي وتلاقي الممر الملاحي للقناة بخليج السويس وحتى الحدود الإقليمية بين السويس والإسماعيلية. وتم اتخاذ إجراءات تأمين إضافية على طول المجرى شملت إقامة سياج أمنى بجوار مجرى القناة بعمق محدد خال تماما من أية عناصر مدنية وحركة سير السيارات على ضفتي القناة الشرقية والغربية، بجانب تأمين المسافة الفاصلة بين قناة السويس وحتى مصب ترعة مياه السويس، وذلك عن طريق الأكمنة الأمنية لعناصر الجيش. ويشهد المجرى الملاحي، انتشارا للقوات بعمق يتراوح ما بين 3 إلى 4 كيلومترات شرق القناة، وذلك في أراضى مملوكة لهيئة قناة السويس تعتبر حرم القناة شرقا، وذلك بهدف التوسعات المستقبلية في مشروع تطوير قناة السويس. وتضم منظومة التأمين المتكاملة اشتراك القوات الجوية والبحرية والدفاع الجوي وقوات حرس الحدود، وبالتنسيق الكامل بشكل يومي بين قيادتي الجيشين الثاني والثالث الميداني، بجانب ذلك فهناك كاميرات مراقبة حديثة تكشف بزاوية 180 درجة مع تنفيذ تجهيزات هندسية وإقامة أسوار خراسانية وأبراج مراقبة على امتداد القناة لتحقيق أعلى درجات التأمين للمجرى الملاحي.