كشف تقرير صادر عن مؤسسة كارنيجي الأمريكية بعضا من خفايا جماعة الإخوان الإرهابية، خاصة في الفترة ما بين 25 يناير 2011 وحتي إقصاء الشعب لهم في 30 يونيه 2013.. أكد التقرير الذي حدد أخطاء لها أدت لعزلها علي المستوي السياسي والأيديوليجي والتنظيمي، أن الجماعة تفرغت تماما للانقضاض علي السلطة مستغلة الثورة، ولكنها لم تنجح رغم وصولها، في استرضاء أركان الدولة القوية أو التأثير علي الشارع المصري. وأوضح التقرير أن الجماعة تسلحت بأوهام العظمة، معتقدة أن نجاح الانتخابات هو بمثابة التفويض الشعبي الكامل لها علي غير الحقيقة. وأكد التقرير كذلك أن العزلة وانغلاق الجماعة وانطواء وضيق أفق قادتها وأعضائها، شكلت عقبات كبري أمام تكيفها مع المجتمع، وأن المصريين لم ينسوا مطلقا أفكارهم المتطرفة التي تمثل ركيزة أساسية في برامج عملهم. يسرد التقرير الجوانب المختلفة للجماعة الإرهابية التي أدت إلي إخفاقها سياسيا ومجتمعيا إلي الحد الذي جعل الشعب ينتفض ضدها في 30 يونيو 2013، حيث أكد التقرير أن الجماعة لم تتمكن من القيام بعملية تحول في بنيتها الأيديولوجية والتنظيمية بما يتماشي مع روح العصر. ووصف الكاتب فكر الإخوان السياسي بالضحالة والانتهازية، مما أثر بالطبع علي ادعاءاتهم بالشرعية وبامتلاك مشروع لإقامة دولة ذات نظام حكم إسلامي، وفي هذا الإطار لم تتمكن الجماعة من ترجمة الانتصارات الانتخابية التي حققتها إلي سيطرة حقيقية علي المشهد السياسي، وقد أدي كل ما سبق إلي فقدان الثقة في شعار «الإسلام هو الحل» الذي رفعه الإخوان. وحدد التقرير ثلاثة أخطاء رئيسية وقعت فيها جماعة الإخوان علي النحو التالي: علي المستوي السياسي، لم تتمكن الجماعة من قراءة الوضع السياسي في مصر علي نحو سليم، وعلي المستوي الأيديولوجي، ظهرت الانتهازية بشكل كبير في تطويع بعض الأفكار لتحقيق انتصارات سياسية علي المدي القصير، إلا أن هذا لم يمحو من ذهن المصريين الأفكار المتطرفة التي تعتبر ركيزة أساسية في فكر الجماعة. وعلي المستوي التنظيمي، كانت المركزية الشديدة وعدم الشفافية في صنع القرار، والانغلاق علي الأعضاء والعزلة عن بقية أطياف المجتمع، عقبة أمام قدرة الجماعة علي التكيف مع المتغيرات المجتمعية التي شهدتها مصر خلال السنوات الأخيرة. واستعرض التقرير كيف اتسمت جماعة الإخوان وقادتها بضيق الأفق السياسي الذي لم يكد يري في ثورة 25 يناير سوي فرصة سانحة للقفز علي المشهد والانقضاض علي السلطة. ويتناول التقرير بالشرح أيديولوجية الإخوان التي يغلب عليها الجمود والتمسك بأفكار حسن البنا وسيد قطب شديدة التطرف، التي تجاوزتها الحركات الإسلامية في الدول الأخري. ويقول التقرير: كان من الطبيعي بعد كل ما سبق أن ينصرف الشعب المصري عن هذه الجماعة، ويعلن لفظه لها من خلال المظاهرات العارمة التي اجتاحت محافظات مصر في 30 يونيو 2013 إيذانا ببدء مرحلة جديدة يسطر فيها الشعب المصري صفحة ناصعة من صفحات الوطنية والانتماء والتكاتف من أجل رفعة مصر. من ناحية أخري، هاجم د.محمد مختار جمعة، وزير الأوقاف توقيع 160 من دعاة الجماعة الإرهابية علي بيان يحرض ضد مصر، وخاصة ضد القضاة والإعلاميين والضباط، ويطالب باقتحام السجون وتهريب المساجين. وطالب بإضافة الاتحاد العالمي للعلماء المسلمين ضمن الكيانات الإرهابية، واستنكر مرصد التكفير والآراء المتطرفة التابعة لدار الإفتاء المصرية، بيان من أطلقوا علي أنفسهم «علماء الأمة».