كشفت مصادر مسئولة داخل وزارة التربية والتعليم وجود خلاف بين الوزير واصحاب المدارس الخاصة بسبب ورود اسماء مدارسهم ضمن مدارس الاخوان بالرغم من عدم انتمائهم للجماعة ولا يوجد مخالفات بمدارسهم. الوزارة تدرس حاليا تعديل قانون التعليم الخاص لتغيير الفقرة التي تنص علي وضع المدارس المخالفة تحت الاشراف المالي والاداري للوزارة وذلك بعد علم الوزير محمود ابوالنصر بحصول بعض المدارس علي احكام قضائية بعدم دستورية هذا الاجراء وغضب مجموعة من اصحاب المدارس التي تم اعلان اسمائها ضمن المدارس التي يتم السيطرة عليها طبقا للحكم القضائي بمصادرة اموال الاخوان بالرغم من عدم انتماء اصحابها للجماعة . "الاخبار" حصلت علي صورة من خطابات شكر ارسلت من قبل وزارة التعليم لبعض المدارس الخاصة منها العلا جاردن وفضل الحديثة الخاصة بالجيزة ومدارس بداية بالقاهرة ،حيث ورد ضمن المستندات صورة من خطابات المتابعة من قبل الادارات التعليمية وجهاز التفتيش بالوزارة التي تؤكد التزام هذه المدارس بالمناهج والنشيد الوطني وتحية العلم ،كما اشار خطاب وارد من مدارس العلا الخاصة يقول ان المدرسة بها عدد كبير من التلاميذ المسيحيين كما يوجد خمسة من اعضاء مجلس الاباء والامناء اقباط ، الامر الذي يؤكد وجود تضارب في تقارير الوزارة التفتيشية التي وضعت هذه المدارس ضمن قائمة المدارس المخالفة مما سبب ازمة لاصحاب تلك المدارس. واكدت المصادر ان الوزارة تدرس ايضا موقف مدارس الاخوان من الناحية القانونية والمالية وكيفية تخفيض المصروفات الدراسية بنسبة 15٪ والتي تمثل نسبة هامش الربح المالي الذي يستفيد به مالك المدرسة ،بحيث تكون المدرسة الاخوانية بعد تحفظ الوزارة عليها غير هادفة للربح ، وذلك بهدف جذب اولياء الامور للمدرسة بعد التحفظ عليها وحتي تتجنب الوزارة اي نوع من انواع المقاومة ، اضافة الي تشجيع اولياء الامور واغرائهم لتسديد المصروفات الدراسية مبكرا نتيجة لتخفيض المصروفات ، اضافة للهدف الاساسي وهو احتياج الوزارة لاموال لتشغيل تلك المدارس ، خاصة ان الاعتماد المالي الذي طالبته وزارة التعليم والمقدر ب 350 مليون جنيه لادارة مدارس الاخوان خلال العام الدراسي المقبل لن يكون كافيا لادارة تلك المدارس البالغ عددها 147 مدرسة علي مستوي الجمهورية .. ذات المصادر لفتت الي ان الوزارة تبحث ارسال لجان تفتيش اخري علي المدارس الاخوانية قبل عملية السيطرة عليها. وعلمت "الاخبار" ان جمعيات اصحاب المدارس الخاصة الثلاثة اتفقت علي انشاء كيان موحد باسم "اتحاد جمعيات اصحاب المدارس" لينبثق منها جمعية بكل محافظة وذلك لمواجهة تعسف الوزارة في بعض القرارات التي تضر بالعملية التعليمية في هذه المدارس.