مازالت المادة الثانية من الدستور تشهد جدلا وخلافا كبيرا بين الأقباط وأنصار الدولة المدنية من جهة وبين التيار الإسلامي, الذي يطالب بتطبيق الشريعة الاسلامية بصورتها الكاملة. من جهة أخري, حيث اعلنت الكنيسة انسحابها من الجمعية التأسيسية للدستور إذا حدث تغيير في المادة الثانية, بينما أكدت القوي الاسلامية رفضها للمادة الثانية بشكلها الحالي وطالبت بتطبيق كامل للشريعة, ووضع نص دستوري يقضي بأنه يحق لأصحاب الديانات السماوية الاحتكام الي شرائعهم وقال المستشار إدوراد غالب سكرتير المجلس الملي ممثل الكنيسة في الجمعية التأسيسية للدستور: نرفض نهائيا حدوث أي تغيير في المادة الثانية في الدستور الجديد, ونتمسك بوجود كلمة مبادئ الشريعة الاسلامية كما هي موجودة في دستور19971, حتي لا تتحول مصر الي دولة دينية, كما يريد بعض القوي الإسلامية واشار الي ان الكنيسة سوف تشارك في كل اجتماعات الجمعية التأسيسية الثانية التي تجري حاليا, وإذا شعرنا بوجود تغيير في صياغة المادة الثانية سوف نعلن انسحابنا من الجمعية التأسيسية للدستور لأننا نطالب بأن مصر دولة مدنية, وذلك طبقا لقرار المجمع المقدس للكنيسة في اجتماعة الأخير قبل عددة أيام بحضور أعضاء المجلس الملي للكنيسة الارثوذكسية في المقابل قال طارق الزمر عضو مجلس شوري الجماعة الاسلامية إن الجماعة تتمسك بتعديل المادة الثانية من الدستور بحث لا تنص علي مبادئ الشريعة الإسلامية, وإنما تطبيق كامل للشريعة الإسلامية, مؤكدا أنه لا تنازل عن تطبيق الشريعة. وأشار إلي ان الكنيسة من حقها أن تطالب بإضافة مادة مستقلة في الدستور تنص علي أنه يحق لاصحاب الديانات السماوية الأخري الاحتكام الي شرائعهم الدينية, ولأننا نريد دستورا توافقيا لكنه يجب أن يعبر عن الأغلبية التي اختارت التيار الإسلامي في الانتخابات البرلمانية والرئاسية
