وصف فضيلة الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر مرتكبي حادث الكنيسة البطرسية بأنهم خانوا الله ورسوله وخانوا أوطانهم وأنه عمل همجي ووحشي, بل تعف عن اقترافه الوحوش. وقال إن هذا الحادث آذانا نحن المسلمين قبل أن يؤذيهم وآذي نبينا محمد- صلي الله عليه وسلم- في يوم مولده وفي روضته الشريفة هذا الذي قال: من آذي ذميا فأنا خصمه يوم القيامة. ومن جانبه أكد الدكتور شوقي علام مفتي الجمهورية أن ذلك العمل بمثابة التعدي علي ذمة الله ورسوله ومن قاموا بهذا العمل الشنيع خصوم للنبي صلي الله عليه وآله وسلم. ومن جانبه أوضح الدكتور محمود مهني عضو هيئة كبار العلماء في تصريحات خاصة أن الإسلام ليس فيه عنف علي الإطلاق وأن الشريعة الإسلامية حتي في الجهاد حافظت علي صلوات اليهود والنصاري وأن مرتكبي الحادث ليسوا مسلمين بل يريدون إحداث فتنة طائفية بين المسلمين والمسيحيين. وقال إن النبي صلي الله عليه وسلم استضاف نصاري نجران في مسجده30 يوما يصلون ويأكلون ويشربون وكذلك عمر بن الخطاب حافظ علي كنيسة القيامة ودخلها. وقال مهني إن مرتكب الحادث منتحر وأمره إلي الله وسيلقي به يوم القيامة في النار وذكر عضو هيئة كبار العلماء أن النبي صلي الله عليه وآله وصحبه وسلم قال: ألا من ظلم معاهدا أو انتقصه أو كلفه فوق طاقته أو أخذ منه شيئا بغير طيب نفس فأنا حجيجه يوم القيامة أي: خصمه, وأشار رسول الله صلي الله عليه وآله وسلم بإصبعه إلي صدره ألا ومن قتل معاهدا له ذمة الله وذمة رسوله حرم عليه ريح الجنة, وإن ريحها ليوجد من مسيرة سبعين خريفا. ومن جانبه قال الدكتور أسامة العبد رئيس لجنة الشئون الدينية بمجلس النواب إن الحادث عملية إجرامية والإرهاب ليس له دين ولا وطن ولا عقل.. والمسيحيون إخواننا ما يمسهم يمسنا واصفا مرتكبيه بأنهم ملعونون. بينما قال الدكتور عباس شومان, وكيل الأزهر الشريف إن منفذي الحادث فئة مجرمة يجب عدم تركهم. وشدد الدكتور محيي الدين عفيفي أمين مجمع البحوث الإسلامية علي أن هؤلاء قتلةلم يراعوا حرمة النفوس البشرية ولا حرمة المقدسات ويسعون إلي زعزعة استقرار الوطن.
