قال حسام تمام الباحث في الشئون الدينية وحركات الاسلام السياسي إن استقلال المؤسسات الدينية هو مطلب وصارت له الأولوية بعد ثورة25 يناير خاصة وأنه قبل تنحي الرئيس السابق محمد حسني مبارك وضح جليا الالتصاق بين المؤسسة الدينية بشقيها الأزهر والكنيسة وبين النظام السياسي وملتحمة بالنظام الحاكم وتوجهاته فشيخ الأزهر علي سبيل المثال لم تكن لديه القدرة علي إقامة علاقة متوازنة بين الثوار والنظام وخسر كثيرا جراء خطابه الموجه للشباب والذي كان وفق وصف تمام مرتبكا خاصة مع وصفه أن الثورة كانت اقتتالا بين ابناء الوطن الواحد مما أفقده التعاطف معه وفقد الأزهر دوره في ترتيبات المشهد السياسي خاصة مع قيام الشيخ يوسف القرضاوي بإمامة الناس في صلاة الجمعة في ميدان التحرير بعد الثورة مما ساعد في زعزعة الثقة في الأزهر كمؤسسة دينية. وعلي صعيد الكنيسة فقد وقف البابا شنودة بابا الاسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية مع نظام الرئيس السابق علي طول الخط وحجب الأقباط وراء صوت الكنيسة فضلا عن أنه في فترة ما قبل الثورة كان يتم التحكم في أصوات الأقباط في أي انتخابات سياسية في مصر. وأشار تمام إلي أن المؤسسة الدينية في مصر غير واضحة في دورها ولا في تصورها, خاصة وأن مصر مقبلة علي تطبيق الدولة المدنية هذه الدولة تتأسس علي المواطنة وهو منطلق صريح ومنصوص عليه في دستور مصر كما تقوم هذه الدولة علي التعددية الدينية والاجتماعية واحترام حق التعددية الدينية داخل المجتمع وبالتالي علي المؤسسة الدينية في الدولة المدنية أن تراعي تلك الأسس. وأكد تمام أنه يجب أن نفرق بين المؤسستين الأزهر والكنيسة من حيث القائمين عليها فشيخ الأزهر هو موظف في تعيينه وفي قراره السياسي في حين أن إدارة الكنيسة إدارة ذاتية رغم وجود القوانين التي تحكم تلك المؤسسة وكلتا الحالتين لم تعدا مقبولتين شعبيا وبالتالي لابديل عن استقلال المؤسستين وتحقيق الاستقلال المالي والاداري بآلية انتقالية ديمقراطية. وبالنسبة للأزهر فلابد من البحث عن صيغة لتمويله ذاتيا وألا يكون فرعا للدولة كما هو حاصل الآن, إلا أنه وصف المناداة بانتخاب شيخ الأزهر حاليا بأنه وضع خطير وأنه لايجب التسرع في ذلك لأننا في حاجة لوضع آلية تواكب وتلائم الأأهر كقيمة علمية وتعليمية, فأطروحة التدين الوسطي للأزهر مهددة بتيارات الإسلام السياسي التي لم يعد تأثيرها علي الشارع المصري فحسب بل امتد الي فئات عديدة من فئات المجتمع وأبرزها الأزهر الشريف وجامعته, كما أن الأزهر ليس نقابة مهنية ينتخب القائم عليها بل لابد من وضع معايير تحمي وسطيته كما أن اساتذة الأزهر ليس منهم من هو مؤهل لتولي المشيخة في حالة الانتخاب فمستوي ادائهم العلمي ضعيف وهذا يبدو واضحا في اطروحات افكار رسائل الماجستير والدكتوراه ودعا تمام إلي احياء جماعة كبار العلماء بالأزهر لتكون ممثلة للتيار الوسطي المعتدل العام في الأزهر غير المتأثر بأفكار خارجية تعمل علي التأثير علي مزاج الاعتدال المصري وتفكك النسيج الاجتماعي وتهدد بنية الدولة المصرية الحديثة واعتماد الية متدرجة لتحقيق توافق أزهري معتمد علي الأزهر ومزاجه الديني والعمل علي استقلاله المالي والاداري وتحصينه بالسلطات والصلاحيات اللازمة وأن تكون رأسه برأس الدولة علي حد تعبيره ومن المعايير التي يقترحها تمام لاختيار شيخ الأزهر هي الرصيد العلمي والانتماء للتيار الوسطي ومدي كون الشخص المختار مرجعية. ولفت تمام النظر الي المادة الثانية من الدستور والتي تنص علي أن الشريعة الاسلامية هي المصدر الرئيسي للتشريع, حيث أكد أنه لايمكن تجاوزها بحكم الديمقراطية خاصة وأن المزاج المصري مزاج متدين كما أن النقاش المجتمعي حول العلاقة بين الدين والدولة الذي سيصاحب البدء في وضع دستور جديد للبلاد سيحتاج الي مالايقل عن10 سنوات وأن ينطلق من الموقع الوسطي الذي يحترم مدنية الدولة مشيرا إلي أن وجود دور قوي للمؤسسة الدينية في مصر هو الكفيل بقطع الطريق امام المنادين بالغاء الشرعية الدينية في مصر وقطع الطريق علي التطرف كما أن ذلك سيكون جزءا من ضمان التوازن.