يتعرض التنوع البيولوجى فى مصر إلى مجموعة من التهديدات المستمرة التي تؤدى لفقده وتقوم إدارة المحميات الطبيعية بوزارة الدولة لشئون البيئة، بدور رئيسي فى تقليل تلك المهددات. بينما لا يضمن الوضع الحالى للنظام المؤسسى والإدارى لهذه المحميات، ما يمكنها من تحقيق الاستدامة المالية للقيام بمهامها المختلفة، الأمر الذي يتطلب تنفيذ نظام كفء ومستمر بقطاع حماية الطبيعة بصفة مستقلة ماليا وبالقدرات الإدارية اللازمة للإدارة الكفء. يعتمد المشروع على نظام مالي متواصل يرتكز على أطر عمل قانونية وتنظيمية ومؤسسية لدعم التمويل المستمر للمحميات، أدوات وأساليب لتنمية وتعبئة الموارد، التخطيط الاستثمارى ووسائل أخرى لإدارة رشيدة التكاليف. يهدف مشروع تعزيز أنظمة الإدارة والتمويل المستدام للمحميات الطبيعية إلى إرساء نظام مالى مستديم للمحميات الطبيعية وما يستلزم من هياكل للإدارة ونظم وقدرات لضمان الاستخدام الرشيد للعائد المحقق طبقًا لأولويات متطلبات صون التنوع البيولوجى والذى ينفذ بدعم من مرفق البيئة العالمى وبرنامج الأممالمتحدة الإنمائي. وفقا لما أكده الدكتور عمر عبد الدايم، المدير الفنى للمشروع. يضيف عبدالدايم: "المشروع قام بتنفيذ ورشة العمل الافتتاحية بحضور الجهات المعنية والخبراء والمتخصصين لعرض خطط المشروع والاتفاق على منهجية العمل وكذلك مساعدة فريق العمل على تنفيذ خطة المشروع بما يضمن تحقيق الهدف الرئيسى للمشروع عند بدايته فى يونيو 2011". كما أوضح الدكتور عادل سليمان، مدير المشروع، أن المشروع قام بمراجعة دساتير العديد من الدول مثل "النرويج وألمانيا والبرازيل والسلفادور وكينيا"، حيث تبين أن موضوعات الحفاظ على الطبيعة جزء هام فى دساتيرها وتم عقد عدة اجتماعات مع الأحزاب الجديدة لمراعاة موضوعات التنوع البيولوجي والمحميات الطبيعية عند وضع الدستور الجديد، والعمل على أن تتضمن خطط وبرامج الأحزاب الجديدة موضوعات التنوع البيولوجي والمحميات الطبيعية. وقام المشروع بإعداد ملف متكامل بهدف إنشاء جهاز حماية الطبيعة لرفع قدرات القطاع الحالى ليكون قادرا على أداء المهام المنوط بها بفعالية وكفاءة. وقد تم عرض الملف على الدكتورة ليلى اسكندر، وزيرة الدولة لشئون البيئة، لرفعه إلى مجلس الوزراء. كما قام المشروع أيضا بوضع أنظمة إدارة فعالة لمحميات جنوبسيناء ووادي الجمال بالبحر الأحمر 2012 - 2020، بمشاركة السادة متخذي القرار والجهات المعنية وقد تم إعداد خطط عمل تنفيذية لتلك المحميات وتحديد الاحتياجات المالية لكل منها وقد تم توفير الاعتمادات المالية اللازمة بما يضمن تحقيق أهداف نظم الإدارة بتلك المحميات وتوليد مزيد من الإيرادات بها. كما يساهم المشروع فى تطوير مجموعة من مصادر للدخل للمحميات الطبيعية بهدف الحفاظ على الثروات الطبيعية فى مصر تمثلت فى إعداد مجموعة من المشروعات وتقديمها للجنة الوطنية لمرفق البيئة العالمية بقيمة إجمالية 2.25 مليون جنيه.