شهد مجلس الشورى خلافًا حادًا بين النواب والحكومة، حول المادة الخاصة بشرط أداء الخدمة العسكرية، حيث وافق المجلس على إدخال نص مقترح من اللجنة الدستورية، يسمح بموجبه بالترشح للانتخابات للمعتقلين سياسيًا فى ظل النظام السابق، والذين تم استثناؤهم من أداء الخدمة العسكرية. وتنص المادة بعد أن وافق عليها المجلس، على "أن يكون المرشح قد أدى الخدمة العسكرية الالزامية أو اعفى من ادائها أو استثنى منها ما لم يكن استثناؤه بناء على حكم قضائى بات ينطوى على الإضرار بالمصلحة العامة أو المساس بأمن الدولة طبقا للقانون". بينما دعت الحكومة على لسان ممثل وزارة العدل المستشار عمر الشريف إلى الالتزام بتقرير الدستورية، والذى ينص على حذف الاستثناء من أداء الخدمة العسكرية حيث يتضمن نص المادة 6 من قانون الخدمة العسكرية والوطنية الصادر بالقانون رقم 127 لسنة 1980 بعض الفئات المستثناة لاعتبارات الصالح العام أو أمن الدولة، وهو ما لا يجوز له الترشح فى المجالس النيابية. وحذر الشريف من الطعن على القانون أمام الدستورية طبقا لتلك المادة ويحكم بعدم دستوريته. وكذلك حذر الدكتور عمر سالم، وزيرالمجالس النيابية من شبهة عدم الدستورية، على الرغم من اعترافه من أن هناك ظلما قد وقع على بعض الإخوة المستبعدين فى ظل النظام السابق. وكان صبحى صالح قد دافع باستماتة عن رأى اللجنة، وقال إنه لا يمكن أن يكون المقصود من المحكمة الدستورية إقصاء أية فئة أو تيار بعينه مشيرًا إلى أن ذلك يفتح الباب لإقصاء وعزل من سبق اعتقالهم لأسباب سياسية فى ظل نظام سابق فاسد. وأضاف صبحى صالح أن النص لا يعد التفافًا على حكم المحكمة الدستورية، وإنما هو تنفيذ دقيق لما طلبته المحكمة.