شهد عام2012 قيام الدكتور محمد مرسي رئيس الجمهورية بأداء صلاة الجمعة الأولي بعد انتخابه رئيسا للجمهورية بالجامع الأزهر الشريف وسط عشرات الآلاف من المصلين,كما- ولأول مرة- اعتلي الدكتور يوسف القرضاوي رئيس الإتحاد العالمي لعلماء المسلمين منبر الجامع الأزهر وألقي خطبة الجمعة. كما ألقي محاضرة علي أئمة ودعاة وزارة الأوقاف بمقر المجلس الأعلي للشئون الإسلامية, كذلك شهد الجامع الأزهر مظاهرة حاشدة تحت عنوان إنقاذ الأقصي ونصرة الشعب السوري وألقي إسماعيل هنية كلمة من علي منبر الجامع الأزهر. كما شهد عام2012 تعيين الدكتور طلعت عفيفي عميد كلية الدعوة الإسلامية السابق وزيرا للأوقاف خلفا للدكتور محمد عبد الفضيل القوصي, وجاء اختيار عفيفي للوزارة قبل ساعات من أداء حكومة الدكتور هشام قنديل لليمين أمام رئيس الجمهورية, وذلك بعد استبعاد الدكتور أسامة العبد رئيس جامعة الأزهر والذي كان سيحلف اليمين وزيرا للأوقاف وتم استبعاده بعد اعتراض نقابة الدعاة علي ترشيحه, وكذلك شهد عام2012 تعيين الدكتور صلاح سلطان أستاذ الشريعة الإسلامية بكلية دار العلوم أمينا عاما للمجلس الأعلي للشئون الإسلامية خلفا للدكتور محمد نجيب عوضين, وأيضا تم تعيين الدكتور أسامة كامل رئيسا لهيئة الأوقاف خلفا للواء ماجد غالب. وفي عام2012 نظمت وزارة الأوقاف المسابقة العالمية العشرين للقرآن الكريم بقاعة الإمام محمد عبده بجامعة الأزهر بالدراسة بحضور الدكتور طلعت عفيفي وزير الأوقاف وأعضاء لجنة التحكيم والمشاركين في المسابقة, وقام الدكتور محمد مرسي رئيس الجمهورية بتسليم الجوائز للفائزين في المسابقة في احتفال وزارة الأوقاف بليلة القدر الذي أقيم في قاعة مؤتمرات الأزهر بمدينة نصر, وذلك بحضور الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر والدكتور طلعت عفيفي وزير الأوقاف. وشهد عام2012 جولات ميدانية لوزير الأوقاف وقيادات الوزارة شملت العديد من محافظات الجمهورية وكان يتم عقد لقاء موسع مع الأئمة والدعاة في تلك المحافظات, ومن أجل نشر الدعوة الإسلامية ومواجهة الأفكار التكفيرية قام الدكتور طلعت عفيفي وزير الأوقاف ووفد من كبار الدعاة بالوزارة بزيارة محافظة شمال سيناء, وألقي الوزير وأعضاء الوفد خطبة الجمعة في عدد من مساجد المحافظة, كذلك شهد عام2012 أول قافلة دعوية رسمية ترسلها وزارة الأوقاف إلي قطاع غزة لمواجهة الفكر التكفيري وذلك بالتعاون مع الإتحاد العالمي لعلماء المسلمين, وضم الوفد الدكتور صلاح سلطان الأمين العام للمجلس الأعلي للشئون الإسلامية وعددا كبيرا من أئمة ودعاة وزارة الأوقاف. وكانت أهم القرارات التي اتخذها وزير الأوقاف قرار فتح المساجد طوال اليوم لاستقبال المصلين وذلك بهدف عودة الدور التنويري للمسجد, وفي إطار الحفاظ علي أموال النذور قرر وزير الأوقاف وضع ضوابط جديدة لفتح صناديق النذور من خلال لجنة تقوم بفتح الصناديق ويتم تغييرها بعد ذلك, وأن يتم تصوير عملية فرز أموال النذور بالفيديو, كما شهد عام2012 افتتاح مقرنقابة الدعاة بمسجد الفتح برمسيس, وقبل أن يرحل عام2012 انتقلت معارك السياسة إلي ساحات المساجد في مختلف أنحاء الجمهورية, وقام مجموعة من المتظاهرين بمحاصرة مسجد القائد إبراهيم بالإسكندرية بعد أن ألقي الداعية الإسلامي الشيخ المحلاوي خطبة الجمعة, وتمت محاصرة الشيخ مع أكثر من150 من المصلين لمدة15 ساعة وبعدها تمكنت قوات الشرطة من إخراج الشيخ في عربة مصفحة.
