وأكدت جميع الدراسات التي قام بها الخبراء المصريون في الصرف والمياه الجوفية أن ارتفاع منسوب الماء الأرضي في سيوة يعود إلي عدم كفاءة وفاعلية شبكة الصرف الزراعي، والتي تعاني من عدم انتظامها وكثرة المنحنيات بها وكثرة التعديات من الأهالي عليها سواء بالزراعة أو البناء, بالاضافة إلي وجود أكثر من 200 عين طبيعية وأكثر من ألف بئر من الآبار السطحية التي حفرها الأهالي يدويا أو ميكانيكيا لاستغلالها في عمليات استصلاح الأراضي, وهذه الآبار والعيون تتدفق مياهها إلي سطح التربة علي مدي الساعة مما يؤدي إلي ارتفاع منسوب الماء من الأرض بالواحة وزيادة مساحة بحيرات الصرف الكبري وهي الأماكن الطبيعية الوحيدة لتصريف المياه في الواحة. وقد قام خبراء وزارة الأشغال والموارد المائية في عهد الوزير الأسبق المهندس عبد الهادي راضي بوضع تخطيط متكامل لحل مشكلة ارتفاع منسوب الماء الأرضي بواحة سيوة بدأ تنفيذه منذ عام 1996 ويقوم هذا التخطيط علي تقسيم واحة سيوة إلي قطاعات منفصلة تشمل مدن سيوة والكاف والمراقي وخميسة وبهي الدين وقريشة وأبو شروق, وقد تم البدء بقطاع منطقة سيوة الذي يعد أكثر المناطق تضررا, نظرا لانخفاض الأراضي وارتفاع مناسيب المياه الأرضية حتي وصلت في بعض الأماكن إلي 40 سنتيمترا تحت سطح الأرض. وقد قام محافظ مطروح السيد أحمد حلمي الهياتمي بزيارة الواحة أستمع فيها لشكاوي المواطنين من الصرف الزراعي بالواحة, وقام بنقل تلك المشكلة إلي الدكتور هشام قنديل رئيس مجلس الوزراء الذي أعطي توجيهاته لوزارة الموارد المائية والري بضرورة سرعة حل تلك المشكلة المزمنة, خاصة أن الواحة تشهد حاليا نهضة سياحية كبري, بالاضافة إلي مشروعات زراعية استثمارية صديقة للبيئة. وخلال زيارته التفقدية للواحة أكد المحافظ أن إنشاء الآبار الجوفية العشوائية غير المرخصة وراء مشاكل الصرف الزراعي التي تعاني منها الواحة, وأن برك الصرف التي هي عبارة عن4 منخفضات أو برك كبري والتي كانت تشغل مساحة لا تتعدي من5 إلي6 آلاف فدان ارتفعت الآن إلي 47 ألف فدان من المياه المهدرة, وأنه يوجد حاليا مساحات كبيرة من زراعات النخيل والزيتون التي تشتهر بها واحة سيوة والواحات الصغيرة التابعة لها مهدرة بسبب مشاكل الصرف الزراعي. وكشف سمير بلال رئيس مركز ومدينة سيوة أن أزمة الصرف الزراعي المستمرة منذ عام 1996 لم تحل حتي الآن رغم انفاق 120 مليون جنيه عليها نظرا للبدء في تفعيل غلق الآثار السطحية العشوائية المنتشرة بالواحة فضلا عن زيادة منسوب مياه الصرف بالأراضي الزراعية مما يهددها تهديدا خاصة معظم أراضي سيوة منخفضة الارتفاع. ويطالب أهالي واحة بضرورة اقامة إدارة متكاملة تجمع بين ادارتي الري والمياه الجوفية بالواحة والاستعانة بالمراكز البحثية المتخصصة لحل مشكلة الصرف وزيادة عدد المهندسين والفنيين لتنفيذ مشروع الصرف الزراعي بالسرعة المطلوبة ومساعدة الأهالي في التوسع في استخدام نظم الري الحديث مثل الري بالتنقيط لعدم إهدار المياه بالري التقليدي.