أثارت مرجعية الأزهر في الدستور الجديد خلافات بين الأحزاب والقوي السياسية, إذ طالب حزبيون بأن يكون الأزهر المرجعية النهائية والملزمة للدولة في الأمور الشرعية, بينما أكد آخرون أنه يجب عدم النص علي أي مرجعية في الدستور. وقال عبدالغفار شكر وكيل مؤسسي حزب التحالف الشعبي الاشتراكي إن الأزهر مؤسسة كبيرة مختصة بالتعليم الديني, ولا يجب إقحامها في القضايا الشرعية الملزمة للدولة. ودعا المهندس سعد الحسيني القيادي بحزب الحرية العدالة إلي أن يكون للأزهر رأي استشاري, وليس المرجعية النهائية والملزمة في الأمور الشرعية. وأكد الدكتور عبدالخالق الشريف, مسئول قسم نشر الدعوة بجماعة الإخوان المسلمين, أن الجماعة لا تهتم بإضافة أو حذف مرجعية الأزهر من النص المقترح للمادة الثانية من الدستور, مضيفا أن الأزهر لن يفسر مبادئ الشريعة الإسلامية إلا في إطار رأي هيئة كبار العلماء. ومن جهته, أعرب الدكتور ياسر عبدالتواب المتحدث الإعلامي لحزب النور عن تأييده لأن يكون الأزهر المرجعية النهائية والملزمة للدولة في الأمور الشرعية من خلال لجنة بحثية علمية في الأزهر مثل لجنة الفتوي. ووصف المستشار أمير رمزي أمين عام الرابطة المصرية وعضو لجنة العدالة الوطنية, الاقتراح الذي قدمه الأزهر بإلغاء الفقرة المضافة للمادة الثانية في الدستور حول مرجعيته بأنه دعم للدولة المدنية, والتوافق داخل الجمعية التأسيسية, مؤكدا أن تفسير القوانين مرجعيته الخاصة للمحكمة الدستورية العليا. وأشار أمين إسكندر عضو الهيئة العليا لحزب الكرامة إلي أن النص علي مرجعية الأزهر سوف يجعل مرجعية الأزهر فوق الدستور.