دخلت لجنة نظام الحكم في الجمعية التأسيسية مراحلها الحرجة مع بدء مناقشات وضع القوات المسلحة وميزانية المشروعات التي تقوم بها. فقد أجمع عدد من السياسيين علي ضرورة أن تناقش ميزانية القوات المسلحة في اجتماعات سرية بلجنة الدفاع والأمن القومي بمجلس الشعب حفاظا علي أسرارها وأن تكون ميزانيتها رقم واحد في الميزانية العامة للدولة. ورفض الدكتور عبدالعظيم محمود حنفي أستاذ العلوم السياسية المدير التنفيذي ومدير مركز الكنانة للدراسات الاستراتيجية هذه الدعوات المطالبة بعرض ميزانية القوات المسلحة علي مجلس الشعب حفاظا علي اندماجها مع الكيان الجماعي للأمة ممثلا في الدولة دون أن ترتبط بالنظام السياسي القائم أو النخبة السياسية الحاكمة. بدوره قال فتحي فرج أحد المحاربين القدامي: نرفض الدعوات لأنها خاصة بتسليح الجيش وهذا أمر يضر بالأمن القومي المصري ونحن مع الرأي المطالب بمناقشة الميزانية داخل لجنة خاصة من الجهات المختصة بالأمن القومي المصري وذلك حفاظا علي سرية معلومات القوات المسلحة سلما وحربا. وعبر عن رفضه التام بأن تكون هناك وصاية علي القوات المسلحة من أي سلطة تشريعية لأن القوات المسلحة دورها هو حماية الشرعية, مشيرا إلي ضرورة تراجع المطالبين بمناقشة الموازنة الخاصة بالقوات المسلحة خشية تواتر معلومات للدول الأعضاء حول تسليح الجيش. من جانبه رأي عبدالغفار شكر وكيل مؤسسي حزب التحالف الشعبي الاشتراكي ضرورة أن تكون ميزانية القوات المسلحة رقم واحد في الميزانية العامة للدولة وأن تناقش في اجتماعات سرية بلجنة الدفاع والأمن القومي بمجلس الشعب حفاظا علي أسرارها. وقال إنه من حق رئيس الجمهورية إعلان الحرب بعد أخذ رأي المجلس الأعلي للقوات المسلحة أو مجلس الدفاع الوطني شريطة أن يكون هناك توازن في تشكيل مجلس الدفاع الوطني بين القيادات السياسية والعسكرية. من جهته أوضح عصام شعبان عضو المكتب السياسي بالحزب الشيوعي المصري أن هناك مسائل مبدئية فيما يتعلق بالقوات المسلحة أهمها أن وضعيتها لابد أن تكون مميزة فيما يخص شئونها خاصة في قرارات الحروب. ولفت إلي أن بعض السياسيين متخوفون من أن تلعب القوات المسلحة دورا سياسيا مهيمنا علي الجميع, مطالبا بألا تتدخل القوات المسلحة في الحياة السياسية والعامة لأن دورها الحقيقي هو حماية الحدود والدفاع عن الوطن. وأعرب حلمي سالم رئيس حزب الأحرار عن اعتقاده بأن المجلس الأعلي للقوات المسلحة متفق مع اللجنة التأسيسية لصياغة الدستور الجديد ورئيس الجمهورية فيما يتعلق بالقوات المسلحة. وقال إن الجدل الدائر والمثار حاليا في الجمعية التأسيسية حول وضع القوات المسلحة والجيش لا يفيد لأنها أمور تم الاتفاق عليها بين المجلس العسكري ورئاسة الجمهورية. من جانبها رفضت الجبهة المصرية للدفاع عن القوات المسلحة الدعوات المطالبة بمناقشة موازنة القوات المسلحة في مجلس الشعب وفقا للاقتراحات التي أطلقها من ينتمون للتيار الإسلامي السياسي في مشروع الدستور الجديد. وأعربت عن قلقها البالغ من هذه المحاولات التي تطلق تحت شعارات ظاهرها الرحمة وباطنها العذاب والمس البالغ بالأمن القومي المصري, مطالبة بأن يقتصر العرض علي مجلس الشعب برقم واحد يحدده المجلس الأعلي للقوات المسلحة وهذا يستند إلي ضرورات يمليها الحرص علي الأمن القومي المصري وفقا لعدة حقائق أهمها أن دور القوات المسلحة هو حماية عملية بناء المجتمع ضد الأخطار الخارجية وأن تكون مستعدة لسحق كل محاولة استعمارية رجعية تريد أن تمنع الشعب من الوصول إلي آماله الكبري.