سلطات الرئيس وصلاحياته ستكون نقطة الخلاف القادمة بعد الخلاف الحالي علي المادة الثانية من الدستور والخاصة بالشريعة وما إذا ستكون مبادئ أم أحكام.. المطالبات تدعو لسلطات واسعة . من جانب تيار الإسلام السياسي وعلي الجانب الآخر للأحزاب والتيارات الليبرالية والثورية فالمطالبة بالتقليص حتي لايعيد دستور.71 د. محمد فهمي منزه عضو المكتب السياسي ووكيل مؤسسي مصر الحرية يري أن معظم النقاشات اتجهت إلي نظام رئاسي برلماني وفي هذا النظام تتقاسم الصلاحيات بين رئيس الجمهورية ورئيس الوزراء وأعتقد أن من مصلحة مصر في التحول الديمقراطي أن يكون هناك تنوع في الاختصاصات والسلطات بين الجهات السياسية التي تتولي العمل السياسي وهذا سيكون صحيا ويكسر احتكار فصيل معين علي السلطة. ويضيف أن صلاحيات الرئيس يجب أن تتقلص عما كان عليه في دستور71 ويذهب بعض الصلاحيات لرئيس الوزراء فتشكيل الحكومة واختيار الوزراء مهم أن تعطي لرئيس الوزراء لاختيار لحكومة التي سيعمل معها وكذلك رئاسة الرئيس للهيئات المختلفة ولايمكن رئيسا لكل الجهات كالقضاء والشرطة والجيش فلا يجب أن تكون كل السلطات معه وأيضا من الصلاحيات المهمة في الدستور الجديد علي النص بصلاحيات الرئيس في قرار الحرب والعلاقة مع القادة العسكريين لتأسيس بناء دولة وهي قضية حرجة ويجب التأسيس لها لمنع ظهور شامل. المستشار مصطفي الطويل الرئيس الشرفي لحزبالوفد يؤكد أهمية أن يكون نظامنا برلمانيا وباختصاصات محدودة للرئيس ويمكن أن يكون النظام مختلطا بحيث يكون البرلمان السلطة الأولي وللرئيس السلطة الثانية, فيكون لرئيس الدولة حق تشكيل الحكومة ولايكون له سلطة حل البرلمان والذي يكون له السلطة العامة في تعديل الدستور ورئيس الجمهورية له حق إصدار مراسيم بقوانين في حالة غياب البرلمان, والحكومة يكون اختيارها من خلال الحزب الذي حصل علي الاغلبية ويكون الرئيس الدولة إقالة الوزارة في حالات معينة. وحيد الأقصري رئيس حزب مصر العربي الاشتراكي يفترض أن يكون نظام الحكم مختلطا توزع فيه السلطة التشريعية فالرئيس يمارس اختصاصاته من خلال رئيس الحكومة والوزراء ولايصدر أي قرار ألا بعد توقيع الوزير المختص ورئيس الحكومة فضلا عن أن يكون للرئيس حل للبرلمان وفق الضوابط الدستورية ويكون للبرلمان حق سحب الثقة من الحكومة ولايجب أن تكون صلاحيات الرئيس مطلقة بل خاضعة لرقابة الشعب وأن تلغي الاختصاصات لتي كانت تمنح له في الدساتير السابقة حتي تكون ديمقراطية وضوابط في ممارسة السلطلة التنفيذية لمهامها. أحمد حسن أمين عام الحزب الناصري يشير إلي أن صلاحيات الرئيس كقائد أعلي للقوات المسلحة ورئيس للشرطة والقضاء يتنافي مع توزيع الاختصاصات والأدوار وأري أن رئيس المجلس الأعلي للقوات المسلحة يجب أن يكون عسكريا كما أن سلطة الرئيس في حل البرلمان والتوقيع علي المعاهدات هذا يحتاج لإعادة النظر, فالصلاحيات المطلقة يجب الحد منها. ويضيف أن اختصاصات الرئيس ستكون موضع خلاف في أعداد الدستور فالتيار الديني سيسعي لسلطات مطلقة علي أساس أنهم تسلموا السلطة وهذا سيتعارض مع التيارات الأخري التي تسعي لتقليصها.