شهد متحف المخطوطات العديد من التطورات والتجديدات بعد إعادة ترميم مقتنياته, وإعادة تجديد قاعة العرض المتحفي, والتي قام بالافتتاح التجريبي لها الرئيس الإيطالي الشهر الماضي, وكانت إيطاليا قد تبرعت لمكتبة الإسكندرية بفترينات مخصصة للمخطوطات والكتب النادرة. المتحف أصبح يقدم صورة كاملة لتطور الحضارات الإنسانية وتطور فنون الكتابة والكتب وذلك بما يحويه من الكتب النادرة والمخطوطات مثل مجموعة من الكتب المنمنمة والتي بلغ عددها154 كتابا, طبعة قديمة من التوراة باللغة العربية كتبت علي لفافة طويلة واهدتها إلي المتحف رئيسة الطائفة اليهودية في مصر, ومجسم الحرم المكي, ومخطوطة باللغة العبرية داخل علبة خشبية ومجموعة من التراجم لمعاني القرآن الكريم بمختلف اللغات كما علقت في مدخل المتحف جدارية لأقدم نسخة مخطوطة من الإنجيل باللغة العربية, مكتوبة بالخط الكوفي, مع إشارات للمناسبات التي تقرأ فيها هذه الآيات مكتوبة باللون الأحمر, ويرجع تاريخ نسخ هذه المخطوطة لسنة482 هجرية, وهي مكتوبة علي الرق ومحفوظة بدير سانت كاترين ويلي هذه الصورة الجدارية ثلاثة نماذج من مخطوطات للقرآن الكريم, لنسخ بديعة مزخرفة تمثل مجموعة من أبدع المخطوطات القرآنية الموجودة بالمكتبة.