بدأت المنظمات المتهمة في قضية التمويل الاجنبي سباقا مع الزمن في الاستعداد بالمستندات للرد علي الاتهامات الموجهه ضدها بعد إرسال ملف القضية لمحكمة استئناف القاهرة والنائب العام من قضاة التحقيق. واكد ثروت عبد الشهيد المحامي عن المعهد الديمقراطي إحدي المنظمات الامريكية المحالة الي محكمة الجنايات أن المعهد قدم للحكومة قائمة بأسماء الموظفين وأنشطة المعهد ومصادر التمويل وتوجد مخاطبات تمت مع الوزارات والهيئات الحكومية عن عملها واستفسارات متبادلة مما سمح له بمراقبة الانتخابات البرلمانية الأخيرة, كما إن الحكومة المصرية اعترضت من قبل علي خصم الأموال المقدمة لتلك المنظمات من قيمة المساعدات الأمريكية للحكومة المصرية. وقال نجاد البرعي محامي المعهد الجمهوري وفريدم هاوس علينا الا نستبق الفترة القادمة بتوقعات وتكهنات عديدة والاهم هو الاستعداد بالطرق القانونية للرد علي كافة الاتهامات الموجودة للموظفين و المنظمات بالوسائل القانونية لان هذا هو السبيل الوحيد المتاح الان بعد تحويلها الي محكمة الجنايات وتكون فيها المستندات هي الفيصل الرئيسي للحكم. واوضحت جويس بارناثان رئيسة المركز الدولي للصحفيين, أن المركزطلب منه خلال عملية التقدم للترخيص لفتح مكتب بالقاهرة أظهار نشاطه, وتم كل شيء بطريقة واضحة وشفافة خاصة أن المركز يعمل علي مشروع لتدريب المواطنين والصحفيين المصريين علي تغطية الأنباء المحلية, ولم يكن له أبدا أجندة سياسية.