في الوقت الذي لاتزال فيه مشكلة الكادر معلقة بين نقابة الأطباء ووزارة الصحة بدأت أزمة جديدة تطل برأسها بين الطرفين تمثلت في تراجع الوزارة عن اتفاقها بتكليف الأطباء. فقد اعلنت الدكتورة مني مينا امين عام نقابة الاطباء أن النقابة فوجئت, كما فوجيء أطباء تكليف مارس2014, ونيابات نوفمبر2013 بالتعليمات المنشورة عن توزيع اطباء التكليف علي موقع وزارة الصحة بانها مختلفة عن ما تم الاتفاق عليه مع مندوبي الدفعتين. وأوضحت ان توزيع التكليف أصبح مديريات ثم وحدات, بالمخالفة للاتفاق الصريح أنه سيكون إدارات ثم وحدات. وأشارت الي ان نقابة الأطباء تطالب المسئولين في الوزارة بالالتزام بما تم الاتفاق عليه في نقاش طويل استمر أكثر من3 ساعات مع ممثلي الدفعتين, خاصة أن هذا النقاش اعتمد علي اتفاق ممثلي الدفعتين حتي لا يكون هناك تناقض للمطالب بينهما. ومن جانبها اكدت الدكتورة هناء عامر مساعد وزير الصحة للدعم الفني والتطوير المؤسسي انه لاول مرة يتم توزيع اطباء التكليف علي وحداتهم بالمحافظات مباشرة, طبقا لاتفاقات التي تمت مع ممثلي الاطباء من قبل. وأوضحت ان هناك27 محافظة داخلها279 ادارة طبية بداخلها5246 وحدة صحية و مركز طب اسرة, خالية والسؤال هنا هل يمكن تنفيذ مطالب كل الدفعة علي مرحلة واحدة.. والاجابة.. لا يمكن, وبالتالي يتم توزيعهما علي مراحل. المرحلة الاولي شملت توزيع الاطباء علي المحافظات طبقا لمجموعهم عن طريق الحاسب الآلي بجامعة القاهرة, ويعقب ذلك مرحلة التظلمات لمدة15 يوما لاستيفاء التظلمات, ثم تبدأ بعد ذلك المرحلة الثانية للتكليف بالوحدات كما تم الاتفاق عليه. وفيما يتعلق بالمناطق النائية اوضحت انه تم تنفيذ جميع الطلبات والمميزات المادية والمعنوية والدراسية بما لا يتعارض مع مصالح دفعة2012 ودفعات2011 و2010 وهذا بالاتفاق مع ممثلين عن ا لاطباء انفسهم.