أثارت مرجعية الازهر ومواد الشريعة والهوية جدلا واسعا داخل لجنة الخمسين فيما أكد مفتي الجمهورية وممثلو الازهر الشريف أنه لا تنازل عن الهوية الاسلامية لمصر والمواطنة مشددين علي أن مرجعية الأزهر..هي طوق النجاة. في البداية يؤكد الدكتور شوقي علام, مفتي الجمهورية وعضو وفد الأزهر الشريف في لجنة الخمسين لصياغة الدستور, أن الأزهر هو المسئول الأول عن الحفاظ علي الشريعة الإسلامية والهوية الإسلامية, واعتبار المواطنة المحدد الأساسي لعلاقة الشعب ببعضه وضمان التعايش بين كل أطياف المجتمع دون تمييز أو تفرقة بسبب الدين أو اللون أو الطائفة, مع مراعاة كل الحقوق بجميع فئات الشعب أجمع, وتقديم المصلحة الوطنية لمصر فوق كل اعتبار سياسي أو حزبي, في صياغة الدستور الجديد. والأمل أن تتمكن لجنة الخمسين من وضع دستور يليق بمصر والمصريين ويمثل كل طوائف الشعب ويلبي طموحات المصريين جميعا في الحياة الكريمة وتحقيق السلام المجتمعي, وبناء دولة المؤسسات التي تقبل مختلف الأطياف والآراء. وباعتراف مفتي الجمهورية فإنه هو وجميع ممثلي الأزهر بلجنة الدستور وبعض أبناء الأزهر من الشخصيات العامة بلجنة الخمسين تحفظوا علي عدد من التعديلات المقترحة في الدستورمؤكدين رفضهم حذف الفقرة الخاصة بأخذ رأي هيئة كبار العلماء في الأمور المتعلقة بالشريعة الإسلامية, وعبر مفتي الجمهورية عن ذلك بقوله إن لم يؤخذ رأي الأزهر فيما يتعلق بالشريعة فمن يؤخذ رأيه. وشدد مفتي الجمهورية أيضا علي رفضه التعديلات المقترحة للمادة الثالثة من الدستور وحذف عبارة( المسيحيين واليهود) واستبدالها بعبارة( غير المسلمين) علي إطلاقها وأكد كما أبدي تحفظه الشديد علي هذا التعديل المقترحلماسيؤدي إليه ذلك من تكدير للسلم الاجتماعي وتقويض لأركان المجتمع المصري وإخلال بالنظام العام. من جانبه قال عبد الله النجار, مستشار شيخ الأزهر, وعضو وفد الأزهر إنه لابد من التوافق علي صياغة المواد الدستورية دون تحيز لفصيل بذاته, وأن يضمن الدستور كرامة الشعب المصري ويتيح فرصا مشتركة للجميع علي أرض مصر للتنافس في الخير, وأن تتم كتابته بتوافق وطني وبالتعاون البناء مشيرا إلي تعاون وفد الأزهر مع كل الأطياف الموجودة في لجنة الخمسين من كل الاتجاهات. الهوية الإسلامية ومن جانبه شدد الدكتور محمد مهنا أستاذ القانون الدولي ومستشار شيخ الأزهر علي ضرورة إظهار الهوية الإسلامية في الدستور, والحفاظ علي مبادئ الوحدة الوطنية بحيث تكون المواطنة هي البوتقة التي تستوعب الجميع, وأيضا المحافظة علي الحقوق والحريات خاصة ما يتعلق بحقوق المرأة والطفل وحقوق غير المسلمين. اما بالنسبة للأزهر فيجب أن ينص الدستور علي استقلال الأزهر هذا أمر مبدئي إذا كنا لا نريد للعشوائيات التي تأخذ من الإسلام شريعة لإشاعة الفوضي الدينية والفكرية والثقافية للبلاد, كما أدعو الجميع إلي ضرورة الحفاظ علي التوافق بين كل أعضاء اللجنة. وقال الدكتور مهنا ان الازهر حريص علي مبادئ الوحدة الوطنية بحيث تكون المواطنة هي البوتقة التي تستوعب الجميع, والمحافظة علي مباديء الحقوق والحريات, خاصة ما يتعلق بحقوق المرأة والطفل وحقوق غير المسلمين. وأشار المستشار محمد عبد السلام رئيس لجنة الدولة والمقومات الأساسية الي أن التوافق علي التعديلات الدستورية داخل لجنة الخمسين ضرورة, وان الأزهر أبدي تحفظه علي المطالبة باحتكام اصحاب الديانات الأخري الي شرائعهم في قوانين الأحوال الشخصية, وان وفد الأزهر متمسك بقصر هذه المادة علي المسيحيين واليهود, دون غيرهم, وأوضح عبد السلام ان هناك وطنيين يعملون علي إذابة الخلافات, ورئيس الجمعية يعمل بحيادية وحكمة للوصول إلي التوافق, وأتوقع إذا صدقت النيات وتجاوزنا الخلافات: سيتم إعداد تعديلات دستورية تحوز رضاء معظم طوائف الشعب وتحقق آمالهم. وطالب الدكتور محمد الشحات الجندي, عضو مجمع البحوث الإسلامية, بتبني رؤية الأزهر في حماية ثوابت الأمة المصرية علي أساس الهوية ومكونها الرئيسي الإسلام ومبادئ الشريعة الإسلامية, فهذه الهوية تحمي كل ما يصون السلام الاجتماعي والأمن القومي للأمة كما طالب بصياغة مواد دستورية تنص علي أن المواطنة هي أساس إعطاء الحقوق لكل مواطن وتحمله بالتزامات تحمي نفسه, وتحمي كل مواطن وكيان المجتمع ككل, انطلاقا من أن الإنسان هو صانع الدساتير وهو الهدف والغاية التي يجب أن تتجه إليها الدساتير لتوثيق هذه الحقوق والحريات. كما طالب بضرورة حظر قيام الأحزاب علي أساس ديني باعتبار أن خلط الدين بالسياسة جلب علي الأمة مشكلات كانت في غني عنها بسبب توظيف الدين لخدمة السياسة بل والمزايدة علي المنافسين بما يعلي من أسهمهم لأنهم يستندون في طلب التأييد والنصرة من الجماهير باعتبار أنهم يمثلون الإسلام, وأن الآخرين من حزب الشيطان.
