وصفت الجماعة الإسلامية موقف الكنيسة المصرية فى التعامل مع أزمة أنفلونزا الخنازير بالإيجابى والجيد، حيث أكد أسامة حافظ عضو مجلس شورى الجماعة، أن تأييد الكنيسة لقرارات الحكومة والبرلمان فيما يخص التعامل مع الخنازير التى يربيها فى الغالب الأقباط، كان دافعا لتقدم عمل اللجان الخاصة بالذبح والإعدام دون أزمات. وأشاد حافظ فى تصريح خاص لليوم السابع بموقف الكنيسة وقياداتها التى لم تساند المتعصبين فى التصدى لقرار الحكومة، مؤكدا أن أنفلونزا الخنازير ليس لها أى علاقة بالدين، منتقدا من يتعامل مع الأزمة من منطلق دينى، خاصة من يتهمون الحكومة بأنها تحابى المسلمين أو تضطهد الأقباط فى قرارات الذبح والتخلص من الخنازير، مؤكدا أن تجربة الحكومة فى التعامل مع أنفلونزا الطيور هو الدافع الأول وراء أخذ قرار حاسم فى التخلص من الخنازير. فى الوقت الذى امتدح فيه حافظ موقف الكنيسة، وجه انتقادات حادة لأقباط المهجر وتصريحاتهم ومواقفهم من الأزمة، ووصفهم بأنهم يشعلون نار الفتنة بدون سبب ويروجون لمعلومات خاطئة بهدف تضليل الرأى العام الغربى ضد الحكومة فى مصر، متسائلا لماذا يستغل أمر كهذا لا علاقة له بالدين ولا بالكنيسة لابتزاز الحكومة.. والسعى للحصول على مكاسب رخيصة تحت دعوى الاضطهاد؟ وأوضح حافظ أن الإسلام لا يحرم تربية الخنازير على الأقباط رغم تحريمه على المسلمين، إلا أن التحريم يسرى أيضا على الأقباط فى حالة تسببه فى إيذاء المسلمين، ووصف قرار الحكومة بذبح وإعدام الخنازير بأنه الأكثر عقلانية للحكومة. بينما اعتبر عصام دربالة عضو مجلس شورى الجماعة من أسامهم "نفر من المسحيين المتعصبين" يريدون الاستعانة بالرئيس الأمريكى باراك أوباما كنوع من التعصب والاستعانة بالأجنبى، مطالبا بأن يجتمع العقلاء فى مصر والعالم على مواجهة وباء التعصب الذى ينشره هذا النفر المعزول عن الأغلبية المسيحية العاقلة المسالمة؛ قائلا "إن وباء التعصب أخطر بكثير من وباء أنفلونزا الطيور والخنازير". وأضاف أن تفكير النفر القليل من المسيحيين، يترجم أسلوب الابتزاز الذى يدمنه هذا النفر فى التعامل مع أى قضية تمس أمراً له أدنى علاقة بأى شأن مسيحى.