أكدت تقارير الرصد لنوعية المياه بنهر النيل الصادرة عن وزارات الصحة والرى والدولة لشئون البيئة، أن هناك تحسنا كبيرا فى نوعية المياه فى عام 2008 عن الأعوام السابقة، ومن النتائج التى أعلنت أن تركيز المعادن الثقيلة مثل الحديد والمنجنيز والرصاص والكروم والكادميوم أقل بكثير من حدود الخطر التى حددها القانون رقم 48 لسنة 1982 فى شأن حماية نهر النيل والمجارى المائية من التلوث. وأن متوسط تركيز المواد العضوية فى معظم النقاط بجميع محافظات الجمهورية كان أقل من الحدود المسموح بها، ويرجع ذلك إلى الجهود التى بذلت للحد من صرف المخلفات الصناعية السائلة فى نهر النيل وتوفيق أوضاع معظم المنشآت الصناعية المطلة عليه. وقد تم التوصل لهذه النتائج عبر شبكة وزارة الدولة لشئون البيئة والتى تتكون من 69 موقع رصد على نهر النيل وفرعى رشيد ودمياط، حيث تمت عملية الرصد من خلال معامل فروع جهاز شئون البيئة بالمحافظات، وأيضا من خلال التنسيق وتبادل بيانات الرصد مع الوزارات المعنية برصد نوعية المياه ومصادر التلوث للوقوف على أى تغيرات تطرأ على ماء النهر باستخدام عدد من برامج الرصد الدورى لقياس المؤشرات التى تعبر عن نوعية المياه، والتى تشمل المؤشرات الطبيعية والكيميائية والميكروبيولوجية .