أكدت المبادرة المصرية للحقوق الشخصية، فى بيان لها، على أن استقلال الأزهر الحقيقى يقتضى كونه بعيدًا عن تدخل سلطات الدولة جميعها فى اختيار هيئات الأزهر بشكل يحرم عموم علمائه وأبنائه من ذلك، وبعيدًا عن قيام الأزهر بدور مشارك فى السلطة كمرجعية ملزمة. ورفضت "المبادرة المصرية للحقوق الشخصية" الصياغة المقترحة للمادة الثانية من الدستور، والتى أعلنت مصادر فى اللجنة التأسيسية الاتفاق على أن يصبح نصها كالتالى: "الإسلام دين الدولة واللغة العربية لغتها الرسمية ومبادئ الشريعة الإسلامية المصدر الرئيسى للتشريع والأزهر الشريف هو المرجعية النهائية لتفسيرها، ولأتباع المسيحية واليهودية الحق فى الاحتكام لشريعتيهم الخاصتين فى أحوالهم الشخصية، وممارسة شئونهم الدينية واختيار قياداتهم الروحية". وقال عمرو عزت مسئول حرية الدين والمعتقد فى المبادرة المصرية: "إن جعل تفسير الأزهر مبادئ الشريعة الإسلامية ملزمًا لمجلس الشعب يشكل تعديًا على سلطة الشعب فى إنفاذ القوانين، وهى السلطة التى يمارسها الشعب عبر هيئات منتخبة من عمومه لها أن تستشير من ترى، بينما قيادات الأزهر وهيئاته غير منتخبين من عموم الشعب". وأضاف عزت: "ويعد ذلك إقحامًا للأزهر فى شئون الدولة يجعله ملعبًا للصراع بين القوى السياسية المختلفة، الأمر الذى يؤثر على استقلاله خصوصًا تحت القانون الحالى لتنظيم الأزهر، الذى يسمح لرئيس الجمهورية بالتدخل فى تعيين قياداته وهيئاته وخاصة هيئة كبار العلماء التى لها سلطة البت فى شئون الدين نيابة عن الأزهر". وظل الأزهر عبر تاريخه الطويل الجامعة الإسلامية عالمية الطابع، والتى رحبت بوجود غير المصريين فيها، إن وجود غير المصريين فى مجمع البحوث الإسلامية وهيئة كبار العلماء - ومنصب شيخ الأزهر قبل التعديل الأخير للقانون - مع جعل رأى الأزهر ملزمًا لمجلس الشعب؛ يسمحان بموقف يصبح فيه لعدد من غير المصريين القدرة على التأثير فى شئون المصريين وحياتهم بما لا يستطيعه المصريون أنفسهم. وتنحاز المبادرة المصرية لاستكمال الأزهر مسيرته كجامعة إسلامية عالمية، بدلاً من قصر هيئاته على المصريين مقابل ممارسة الأزهر أدوارًا لها علاقة بشئون الدولة المصرية. وترى المبادرة المصرية فى النص على الديانتين "المسيحية واليهودية" فقط فيما يخص حق أتباع الديانات الأخرى فى الاحتكام لشرائعهم تمييزًا ضد أفراد آخرين ممن لا يعتنقون أيًّا من الديانات الثلاث المذكورة، مؤكدة ضرورة أن تراعى النصوص الدستورية الحق فى الاعتقاد مشتملاً حق ممارسة الشعائر على قدم المساواة بين الجميع مهما كان دينهم دون تمييز. وكان قد سبق أن حذرت المبادرة المصرية فى دراسة سابقة من أن إعطاء الأزهر سلطة تفسيرية نهائية يضر باستقلاله وبدوره الأساسى كمؤسسة دعوية وتعليمية وثقافية بداخلها تنوع وتيارات ومذاهب ومدارس فكرية متعددة، فالسلطة التنفيذية ممثلة فى رئيس الجمهورية والتيارات السياسية فى مجلس الشعب يمكنها عبر قانون تنظيم الأزهر التدخل للتأثير على طريقة تشكيل الهيئات القيادية بالأزهر التى ستعبر عن رأيه وتفسيره، وهو ما حدث فى تمرير تعديلات قانون الأزهر الحالى بمرسوم بقانون أصدره المجلس الأعلى للقوات المسلحة، قبل انعقاد مجلس الشعب، محاولاً تمرير رؤيته لاختيار الهيئات القيادية العليا فى الأزهر، وقطع الطريق على مشروعات قوانين تقدمها القوى السياسية الأخرى فى مجلس الشعب، ربما تتضمن رؤى مختلفة.
